X-Men

Debido al aumento de la actividad anti-mutante en Genosha, el Profesor Xavier utiliza Cerebro para escanear la nación insular y descubre la presencia de Apocalypse allí. El gobierno de Genosha aparentemente está utilizando a Apocalypse para controlar a su población mutante. Sin embargo, Xavier sospecha que Apocalypse sigue sus propios planes y envía a cinco X-Men, Cíclope, Lobezno, Psylocke, Bestia y Gambit, a investigar. X-Men: Mutant Apocalypse combina la jugabilidad de un brawler de desplazamiento lateral como Final Fight con elementos de un juego de plataformas, es decir, los jugadores deben enfrentarse a diversos enemigos y sobrevivir a los ocasionales puzzles de saltos. La mayoría de los niveles también presentan mid-boss y end-boss en forma de robots, monstruos o conocidos villanos. Cada personaje tiene habilidades únicas y movimientos especiales: Cíclope utiliza su Ráfaga óptica para atacar a distancia, Lobezno puede escalar paredes, Psylocke es muy ágil y la mejor saltadora del equipo, Bestia puede aferrarse al techo mientras Gambit lanza cartas explosivas a sus enemigos. Los movimientos especiales son bastante similares a los encontrados en Street Fighter II (Lobezno tiene un ataque tipo Dragon Punch y el Double Kick de Gambit es prácticamente idéntico a la Patada en Tijera de M. Bison), y requieren combinaciones de botones similares. Mientras que la mayoría de las etapas son únicas para cada personaje, algunas se pueden jugar con cualquiera de los X-Men. El progreso se guarda mediante contraseñas.