Phantasy Star III Generations of Doom

El juego comienza en la ciudad-estado de Landen justo antes de la boda del Príncipe Rhys y la misteriosa Lady Maia, quien había llegado a la costa dos meses antes. Justo cuando estaban a punto de leerse los votos, la novia fue secuestrada por un dragón volador parecido a un Layan que gritó: "¡Sucio Orakiano! ¡Maia no será tuya!" antes de desaparecer con la hermosa princesa en ciernes. El Príncipe Rhys, llevado por la pena y la ira, comienza a partir con un ejército para encontrar a su novia y destruir a todos los últimos descendientes de los Layan, pero pronto es detenido por su padre, el rey, quien le manda calmarse en la mazmorra debajo del castillo. Sin embargo, pronto es liberado por Lena, quien le desea buena suerte en su búsqueda. A lo largo de la misión de Rhys por encontrar a su prometida, descubre relicarios de la legendaria guerra y forma alianzas con extraños compañeros y viejos amigos. Su descendencia lleva la historia desde el momento en que encuentra a Maia y pronto se da cuenta de que el mundo en el que viven y la historia misma no son lo que parecen ser.