Metal Slug X

El General Donald Morden, el antagonista del primer juego, regresa una vez más con su ejército, decidido a conquistar el mundo. Depende del escuadrón Peregrine Falcon, que ahora se ha unido a dos nuevos personajes: Eri Kasamoto y Fiolina Germi de la Unidad de Inteligencia Sparrows, salvar el día. A medida que avanzan los niveles, se revela que Morden ha hecho alianza con marcianos para facilitar sus planes. Finalmente, la situación se invierte cuando Morden sufre un ataque y es traicionado por sus aliados marcianos. Se forma una alianza improvisada entre el escuadrón Peregrine Falcon y el ejército de Morden para enfrentar una amenaza alienígena aún mayor.