Mega Man X3

Zero, quien había regresado como cazador irregular, se convirtió en el comandante de la Unidad de Fuerzas Especiales Zero y continuó eliminando irregularidades junto con X, quien estaba activo como comandante de la 17ª Unidad de Élite, y otros cazadores del equipo. Al mismo tiempo, el Dr. Doppler, un científico del tipo reploid, realizó investigaciones que revelaron que el virus informático "Virus Sigma" era la causa de las irregularidades, desarrolló un virus anticuerpo especial y propuso que fuera inyectado en los reploid. Como resultado, el número de irregularidades disminuyó. Además, el Dr. Doppler declaró que construiría "Doppeltown," una ciudad pacífica donde humanos y reploid puedan coexistir, y obtuvo el apoyo tanto de humanos como de reploid. Sin embargo, unos meses después, Doppler y sus Reploid, que habían sido expuestos al virus anticuerpo mencionado, se rebelaron. Los Cazadores Irregulares reconocieron a Doppler y a los participantes en la rebelión como irregularidades, y se ordenó a X y Zero que entraran en acción.