Bad Apple Wars

El juego sigue a Rinka, quien en su camino a su primer día en la secundaria, es atropellada y muere en un paso de peatones al detenerse para recoger su zapato que se le cayó. Después de la muerte, es recibida por el Sr. Conejo (un profesor con máscara de conejo) en la otra vida, frente a NEVAEH Academy, un escenario parecido al purgatorio para estudiantes fallecidos con reglas estrictas, incluyendo el uso de gafas o mascarillas para todo el personal y alumnos. Un profesor de la escuela, el Sr. Conejo, la lleva a la ceremonia de apertura de la academia, que es atacada por los 'Bad Apples' (Manzanas Malas), un grupo de estudiantes que se oponen a la estricta naturaleza autoritaria en la que se basa la escuela. Los jugadores pueden escoger entre alinearse con las manzanas malas o las manzanas buenas (aquellas que respetan las reglas administrativas de la escuela, incluyendo a los prefectos que las hacen cumplir), con cada camino ofreciendo opciones únicas con múltiples finales, los cuales dependen de las decisiones que tome el jugador durante su partida.