Teenage Mutant Ninja Turtles 3 Mutant Nightmare

En el Episodio 1, las tortugas comienzan a salvar a una persona mayor en la ciudad de Nueva York de los sadísticos Triceratons. Después de destruir tres transportes que desplegaban el ejército Triceraton, las tortugas se adentran en las alcantarillas para llegar a Central Park y rescatar a sus amigos Casey y April. Mientras están en el parque, Leo, Raph, Mikey y Don defienden contra los Triceratons y el Profesor Honeycutt, considerado el Fugitoid, rescatado de TMNT 2 Battle Nexus, ayuda a las tortugas a localizar dónde están retenidos Casey Jones y April O’Neil. Al irrumpir en la base de los Triceraton, Zaranmon, comandante en jefe de los Triceraton, moviliza un robot en un intento de detener a las Tortugas y a Traximus. El intento de Zaranmon fracasa y Traximus destruye una silla para realizar un cambio en su clan. En el Episodio 2, las tortugas descubren una nueva tecnología proveniente de Baxter Stockman, ya que los Mousers infiltran las alcantarillas causando un intenso dolor en los oídos del Maestro Splinter. Mientras protegen a su sensei, las tortugas ninja se enfrentan a los Mousers y se mantienen cerca de él. Sin embargo, el Maestro Splinter termina siendo capturado y las tortugas usan un hidrodeslizador para perseguir una camioneta en movimiento. Pronto se ven bloqueadas por un dúo enemigo alto y pequeño para una emboscada. Tras pasar, las tortugas reanudan su misión de rescate a Splinter, enfrentándose finalmente a Bishop y teniendo que usar estrellas ninja para romper un candado y liberarlo. En el Episodio 3, las Tortugas encuentran a todos los miembros del Clan del Pie en varias misiones. Hun, Karai y Oroku Saki, la identidad humana de Shredder, caen ante las tortugas. Hacia la batalla final con Saki, este se actualiza a Mega Shredder. Las tortugas ninja lo derrotan y son convocadas por el consejo Utrom para un tribunal. Scherel, el Utrom que controla el cuerpo de Shredder, es acusado de delitos malvados y exiliado a un planeta helado, mientras que Karai y los demás son entregados a las autoridades, concluyendo el juego principal. En el capítulo Pesadilla, cada una de las tortugas tiene un sueño y enfrentan a varios jefes. Completar la mayoría de las misiones en este capítulo conduce al enfrentamiento final contra el jefe supremo, Ultimate Drako. Para utilizar los pergaminos Gembu y activar las formas definitivas de las Tortugas, el jugador debe coleccionar pergaminos y otros contenidos en modo Batalla Libre.