Teenage Mutant Ninja Turtles

La jugabilidad principal adapta libremente los siguientes episodios de la primera temporada: "Things Change", "A Better Mouse Trap", "Attack of the Mouser", "Meet Casey Jones", "Nano", "Darkness on the Edge of Town", "The Way of Invisibility", "Notes From the Underground" (Partes 1-3) y "Return to New York" (Partes 1-3), además de un nivel que no está basado en la serie animada en absoluto. Poco después de que un grupo de robots mouser destruye el antiguo hogar de las tortugas, empiezan a buscar un nuevo refugio. Michelangelo finalmente molesta a Raphael, quien se va a la superficie. Allí, se enfrenta a matones Purple Dragon, Casey Jones y Dragonface. Baxter Stockman pronto utiliza ninjas tecnológicos invisibles para capturar a Raphael, y Donatello se ve obligado a rescatarlo. Luego, mientras Raphael y Michelangelo luchan por diversión, Donatello analiza un extraño cristal que encontró en su hogar, notando que parecen células cerebrales mutadas. Raphael empuja a Michelangelo contra una pared, revelando un túnel grande detrás de ella. El cristal de Donatello empieza a brillar y las tortugas deciden investigar. Siguen el túnel y se enfrentan a humanos genéticamente mutados. Después de algunos encuentros con estos mutants, las tortugas descubren que estos fueron transformados en su estado actual por experimentos pasados de los científicos de Shredder. Los cristales que encontró Donatello son lo único que mantiene con vida a estos mutants, por lo que no pueden abandonar su hogar subterráneo. Suplican a las tortugas que derrotan a Shredder, para que ningún otro humano sufra como ellos. Las tortugas deciden vencer a Shredder de una vez por todas y prometen a los mutants que volverán por ellos si alguna vez encuentran una forma de revertir su condición.