SpongeBob SquarePants Battle for Bikini Bottom

El juego gira en torno a la invasión de robots en Bikini Bottom, la ciudad natal de SpongeBob. Los robots fueron creados por Plankton, el malvado genio dueño del Chum Bucket, quien ha construido una nueva máquina llamada Duplicatotron 3000 para producir un ejército de robots con el fin de apoderarse del mundo, pero solo después de crearles se da cuenta de que el interruptor del Duplicatotron ha sido accidentalmente cambiado a "No Obedecer" y los robots lo expulsan rápidamente del Chum Bucket antes de que puedan tomar el control. SpongeBob y Patrick estaban jugando con robots de juguete y deseaban que fueran reales. Patrick usa su "concha mágica de deseos" para hacer realidad su deseo, esperando que aparezcan mañana. SpongeBob se despierta y descubre que su casa ha sido destrozada después de haber pensado que quería jugar con un robot. Pasea por la casa durante un rato y recibe un fax del Sr. Cangrejo, que le dice que le dará una espátula de oro por cada cierta cantidad de objetos brillantes que recoja para él. Afuera, SpongeBob encuentra a un frustrado Plankton, quien le cuenta una historia de mentiras, asegurando que los robots aparecieron de la nada y lo expulsaron. Engañado por el diminuto villano, SpongeBob emprende una peligrosa misión para encontrar espátulas de oro, deshacerse de los robots, intercambiar objetos brillantes con el Sr. Cangrejo por espátulas de oro, buscar los calcetines robados de Patrick (que han sido tomados por los robots) y que le darán espátulas de oro si lleva de vuelta diez calcetines, y devolver a Plankton al Chum Bucket, incluyendo saltar en bungee, hacer burbujas, aprender nuevos movimientos con burbujas de Bubble Buddy y viajar a través de sueños entre otras cosas.