Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus

El juego comienza con una batalla contra el Clan del Pie y Hun en el rascacielos de Oroku Saki. El Clan del Pie es derrotado y el Maestro Splinter desaparece misteriosamente. Las Tortugas persiguen la pista hasta un edificio marcado como "T.C.R.I.", que resulta esconder un secreto extraño bajo su exterior aparentemente inofensivo: sus empleados son miembros de una raza alienígena similar a un cerebro, los Utroms. Mientras luchan contra estos nuevos y extraños enemigos, las Tortugas sonTeletransportadas accidentalmente a diferentes puntos de la galaxia, donde conocen al Fugitoid, el Profesor Honeycutt, en D'Hoonib, y terminan envueltas en la guerra entre los Triceratons y la Federación, ambos grupos buscan al Fugitoid por su tecnología. Durante el camino, se cruzan con un cazarrecompensas intergaláctico llamado Slashuur. Se dice que es el cazador de recompensas más poderoso del universo y, en su infancia, Honeycutt escuchaba leyendas sobre él. Irónicamente, Honeycutt es el objetivo de Slashuur, quien fue contratado por los Triceratons para capturarlo. Después de que las Tortugas le vencen, Slashuur revela que tiene conocimientos sobre Hamato Yoshi antes de marcharse. Antes de escapar del planeta natal de los Triceratons, las Tortugas hacen amistad y liberan a un noble guerrero Triceraton obligado a luchar como gladiador, Traximus. Al regresar a la Tierra y al edificio de la T.C.R.I., se revela que los Utroms rescataron a un Splinter herido y lo estaban cuidando. Los Utroms colocan a las TMNT y a Splinter en una máquina de realidad virtual para explicarles mejor sus orígenes. Hace cientos de años, los Utroms viajaban por la galaxia transportando a un criminal de su especie, Ch'rell. Su nave se estrella en la Tierra, en Japón. Ch'rell escapa, mientras que los Utroms se ven obligados a esperar a que la tecnología terrestre avance hasta su nivel, para poder regresar a casa. Un tiempo después, tras que los Utroms reclutan la ayuda de algunos humanos como Guardian Ninja, son emboscados por un señor de la guerra fuertemente blindado llamado El Shredder. Mientras tanto, en el mundo real, Baxter Stockman sabotea la máquina de realidad virtual y los peligros internos se manifiestan como reales para las Tortugas y Splinter. Tras vencer a Shredder y sus Ninja del Pie Feudal, las Tortugas se reúnen con el Utrom Mortu, quien les entrega un dispositivo que les permite regresar al mundo real. Lamentablemente, al llegar, encuentran a Shredder y a los del Pie atacando el edificio de la T.C.R.I. Durante la pelea, se planta un dispositivo de destrucción orgánico y los Utroms huyen mediante su Transmat. Las Tortugas derrotan a Shredder antes de que pueda perseguirlos, y se revela que este Shredder no solo es el mismo que vieron en Japón Feudal, sino que también es el malvado Utrom Ch'rell. Las Tortugas escapan del edificio justo antes de que explote el dispositivo, pero Ch'rell no tiene tanta suerte.