Code 18 [Limited Edition]

El juego comienza el 11 de septiembre de 2018. Cuando Hayato está a punto de probar su mochila de vuelo "Dragon Unit" en el techo de la escuela, una chica cae del cielo, llevando un dispositivo similar. Él intenta salvarla, pero muere; después de esto, es transportado al pasado sin recordar el evento, y logra salvarla. Su nombre resulta ser Arika Tokitou. La Academia Ryuusei y el Segundo Club de Ciencias se preparan para un festival escolar programado para un mes después, cuando el profesor de ciencias de Hayato, Genkuro Kanbara, le entrega un chip de teléfono inteligente compuesto por una "Piedra Agastia", que teóricamente le permitiría recibir mensajes de voz del futuro. Lo instala y recibe mensajes del futuro, pero no puede entender qué dicen. En un momento, debido a un accidente con la Dragon Unit, la casa de Hayato explota, lo que lo obliga a dormir en la sala del club de ciencias. Él y el resto del club deciden que para el festival, deberían presentar una actuación en vivo para Hikari. Durante el mes, Hayato y Hikari se acercan, y él se muda con ella. La ayuda a superar problemas de autoestima y a tener éxito en la actuación en vivo, y se convierten en pareja. Al final del festival, el tiempo retrocede a septiembre 11 nuevamente; el mismo mes se repite varias veces, con Hayato sin saberlo y sin recordar los ciclos anteriores. En cada ciclo, se involucra estrechamente con una de las personajes femeninas del juego, ayudándolas con el festival y resolviendo sus problemas personales. Aunque al principio Arika está distante, con cada ciclo que pasa, ella empieza a abrirse más hacia Hayato. Tras pasar por varias repeticiones, Hayato regresa a septiembre 11 con sus recuerdos intactos y se da cuenta de que Arika es la única que parece tener una conexión con los bucles temporales. La confronta, y aunque ella admite tener una conexión, no confía en que pueda ayudarla. Cuando Hayato se da cuenta de que su casa está a punto de explotar, con Hikari y Arika dentro, los saca en lugar de salvar la Dragon Unit; esto le gana la confianza de Arika, quien le dice que ella es una viajera en el tiempo del año 2040. Al descubrir que su presencia provocó un ciclo temporal, ella quería regresar a su tiempo, pero no pudo porque su máquina del tiempo estaba rota. Hayato reúne partes para repararla y se acerca nuevamente a Hikari. Aprende que la verdadera identidad de Arika es Akari Hino, y que ella es la hija de Hayato y Hikari del futuro. En el futuro, Hayato se había convertido en un adicto al trabajo, construyendo una máquina del tiempo mientras descuidaba a Hikari y Akira; enojada, Akira roba la máquina y viaja a 2018. Como la máquina solo funciona en un entorno de gravedad cero, la combinan con la Dragon Unit y la llevan a la Torre Sky, a 1,200 pies de altura; su camino se ve dificultado por un terremoto, pero logran alcanzarla con la ayuda de Hikari, Tamaki, Yuzu, Nanari y el profesor Kanbara. Se revela que el remitente de los mensajes de voz del futuro es Hayato del 2040; como las versiones futuras de Hayato y Hikari habían visto a Akari en 2018, sabían que debían recrear los hechos para evitar un paradoja temporal que haría que Akari dejara de existir. Por ello, Hayato había dedicado todo su tiempo a crear una máquina del tiempo para 2040, actuando con frialdad hacia Akari a propósito para darle un incentivo para viajar al pasado. Luego, el Hayato del 2040 envió mensajes de voz a su yo del 2018 para ofrecerle guía y causar una paradoja ontológica, asegurando la supervivencia de Akari. Akari viaja de regreso a 2040, rompiendo el ciclo, y se reconcilia con sus padres.