Mega Man Zero 3

Con la Resistencia de Ciel derrotó a Copy X, el gobernante de Neo Arcadia. El terror del régimen neo arcadiano terminó, persiste una constante escasez de energía. Ciel se dedicó a investigar nuevas formas de energía. Y Elpizo se convirtió en el nuevo líder de la Resistencia. Sin embargo, aplastado por su deseo de poder, Elpizo despertó al Elfo Oscuro, cuya magia casi destruye el mundo en el pasado. Elpizo, sediento del poder del Elfo Oscuro, perdió de vista su verdadera misión, y fue finalmente derrotado tras una feroz batalla. Sin embargo, el Elfo Oscuro huyó, cuyo destino se desconoce... La batalla contra el Elfo Oscuro apenas comenzaba. Dos meses después de los eventos de Mega Man Zero 2, una nave espacial que acaba de estrellarse emite energía similar a la del Elfo Oscuro. Zero, Ciel y un par de miembros de la Resistencia parten a investigar. No mucho después, Ciel y los dos miembros de la Resistencia son capturados por Neo Arcadia mientras Zero ingresa a la nave. Sin embargo, no son dañados ni retenidos como prisioneros, ya que se desata un incidente que involucra a un Reploid gigante llamado Omega, que ni Leviathan ni Fefnir pueden manejar juntos. Zero interrumpe la batalla y se queda a encargarse de la situación solo. Poco después, se presenta al Dr. Weil, con un Copy X aparentemente resucitado a su lado, quien reclama nuevamente el liderazgo de Neo Arcadia, para disgusto de Harpuia.