Yu-Gi-Oh! Shin Duel Monsters [First Edition Limited Box]

El juego comienza en el antiguo Egipto, con el Príncipe Atem escapándose del palacio para ver a sus amigos, Jono y Teana, en los terrenos de duelo. Allí presencian una ceremonia realizada por los magos, que es más oscura que las ceremonias que normalmente llevan a cabo. Después de la ceremonia, Atem se enfrenta a uno de los sacerdotes, llamado Seto, y lo derrota. Cuando Atem regresa al palacio, rápidamente lo envían a la cama con Simon Muran, su tutor y consejero. Mientras Muran se aleja, un guardia le informa que el sumo sacerdote Heishin ha invadido el palacio, usando una magia extraña. Muran busca a Heishin. Cuando lo encuentra, Heishin le dice que ha encontrado el Poder Oscuro y luego usa la Varita del Milenio para atacar a Muran. Cuando Heishin encuentra a Atem, le amenaza con matar al rey y reina egipcios si no entrega el rompecabezas del Milenio. Muran aparece detrás de Heishin y le dice a Atem que destruya el rompecabezas. Atem obedece, y Muran se sella a sí mismo y a Atem dentro del rompecabezas, para esperar a que alguien vuelva a montarlo. Cinco mil años después, Yugi Muto vuelve a ensamblar el rompecabezas. Habla con Atem dentro del rompecabezas, y Atem le entrega a Yugi seis cartas en blanco. Sin saber para qué sirven, las lleva a un Torneo de Duelos. Después de derrotar a uno de los duelistas, una de las cartas se llena con un objeto del Milenio. Al darse cuenta para qué sirven las cartas, Yugi completa el torneo y llena las seis cartas con objetos del Milenio. Esto permite que Atem regrese a su tiempo. Una vez en su propio tiempo, Muran le cuenta a Atem lo que ha ocurrido desde que fue sellado. Heishin y los magos han tomado el control del reino con los objetos del Milenio, y la única forma de liberar el reino es recuperar los objetos de los magos que los protegen. Después de transmitir esto, Muran muere. Después de encontrarse con Jono y Teana, va al palacio destruido y lo busca. Encuentra a Seto, quien le da un mapa con las ubicaciones de los magos y los objetos del Milenio, y le pide que derrote a los magos. Tras recuperar todos los objetos del Milenio menos uno, Seto lo lleva hasta Heishin, quien tiene la Varita del Milenio. Atem derrota a Heishin, pero descubre que Seto tiene la Varita del Milenio, y solo quería usar a Atem para reunir los objetos en un solo lugar. Atem se enfrenta a Seto en un duelo por los objetos y lo derrota, pero después del combate, Heishin toma los objetos y los usa para invocar a DarkNite. Con la esperanza de usar a DarkNite para destruir a sus enemigos, no tiene el objeto para probar su autoridad y, como resultado, DarkNite en cambio transforma a Heishin en una carta. Heishin, ahora convertido en carta, es ridiculizado por DarkNite antes de incinerar la carta. Después de que Atem muestra que tiene los Objetos del Milenio, DarkNite lo desafía a un duelo. Atem lo derrota, y DarkNite se transforma en Nitemare, quien desafía a Atem nuevamente. Atem lo derrota otra vez, y Nitemare, a regañadientes, regresa a donde vino. Finalmente, Atem logra tomar el trono y liderar a su pueblo en paz.