Puyo Puyo Fever

El modo historia del juego se divide en tres cursos que siguen la aventura de Amitie, una chica enérgica que asiste a una escuela de magia, donde Accord le enseña a lanzar hechizos usando Puyo. En la historia principal del juego, Accord ha perdido su Flying Cane, el equivalente a una varita mágica, y afirma que tiene una recompensa para el estudiante que pueda encontrarla. El jugador asume el papel de Amitie mientras atraviesa el mundo de Puyo Puyo Fever para encontrar la varita, conociendo a muchos personajes excéntricos en el camino y enfrentándolos en batallas. En una versión más difícil del modo historia, se juega como la rival de Amitie, Raffina. La historia que se elige determina qué personajes se conocerán y quién finalmente encontrará la varita. Cuando se juega como Raffina cerca del final del juego, se revela que Accord nunca perdió realmente su Flying Cane. Ella planea revelar el secreto de Accord y Popoi, pero fracasa en su final, ya que Accord la deja inconsciente, perdiendo todos los recuerdos del incidente con la varita. Recobra la consciencia cerca de su escuela, donde Amitie y sus amigos la felicitan.