Mega Man Maverick Hunter X

A diferencia de Mega Man Powered Up, Maverick Hunter X es un reinicio de la serie X que presenta muchos cambios en la historia que la desconectan completamente de la línea de tiempo original. Fue la intención de Keiji Inafune rehacer por completo los primeros seis juegos de la serie Mega Man X, pero este proyecto fue cancelado debido a las bajas ventas de Maverick Hunter X. Estos son algunos ejemplos de cómo se ignora la continuidad con el resto de la serie: El Dr. Cain descubrió a X hace muchos años (en lugar de meses), y está prolongando artificialmente su vida mediante soporte mecánico para supervisar a los Reploids. También teme no tener mucho tiempo de vida. Hacia el final de The Day of Sigma, un misil destruye su hogar en Abel City — con él dentro (aunque queda en duda si en realidad murió o no). La historia de Vile, salvo su flashback cuando Sigma lo libera de su celda, se considera simplemente un escenario "¿qué pasaría si...?", ya que entra en conflicto con el juego de X. Sin embargo, la línea de Sigma de "recuperar a Vile" parece predecir su remodelación en Mega Man X3. Las razones del Dr. Light para sellar a X son completamente diferentes de las establecidas anteriormente. En la historia original, el Dr. Light selló a X en una cápsula especial que básicamente evaluaba su integridad moral, porque era necesario determinar si X tomaría las decisiones correctas cuando entrara en el mundo. Sin embargo, en Maverick Hunter X, el Dr. Light ya confía en la integridad moral de X, pero lo sella porque cree que la humanidad aún no está lista para él. La personalidad de Sigma está representada de manera bastante diferente a en otros juegos. Aquí, está obsesionado con la evolución de los Reploids (lo cual refleja su actitud en Mega Man X8), y está fascinado con el potencial de X en lugar de realmente desear superar a los humanos. Incluso dice directamente a Vile que planea volverse Maverick para poner a prueba las habilidades de X y liberar su verdadero poder, y le indica a Vile que le ayude a incitar a la rebelión para lograrlo. Por lo tanto, también parece que Sigma se volvió Maverick por su propia voluntad, aunque su declaración al liberar a Vile de que "necesitaba a alguien que pudiera volverse Maverick por su propia cuenta" en la apertura de Modo Vile sugiere que esto no necesariamente sea así. De manera similar, sus interacciones con X antes de la batalla final son ligeramente diferentes a las del original, donde esperaba que Zero llegara y estaba algo molesto por enfrentarse a X en su lugar, pero finalmente, tras la derrota de Velguarder, se dio cuenta de que Zero quizás había elegido a X para luchar contra Sigma, mientras que en el remake se le ve esperando sinceramente que X llegue y con la esperanza de que en efecto cumpla con los requisitos para enfrentarlo.