Prototype [Platinum]

El juego sigue a Alexander J. Mercer (con voz de Barry Pepper) quien despierta en una morgue en el sótano de Gentek, una empresa de ingeniería genética con sede en Manhattan, enviando a un par de científicos que estaban a punto de realizar una autopsia a correr. Alex escapa y presencia cómo los científicos son abatidos a tiros por operativos militares. Alex es descubierto y atacado. Sobrevive a balas disparadas en su pecho y salta sobre un muro para ponerse a salvo. Pronto descubre que ahora posee poderosas habilidades de metamorfosis, fuerza, velocidad, agilidad, durabilidad, sentidos, resistencia, armamento y la capacidad de "consumir" personas para obtener sus recuerdos, habilidades y apariencia. Sin memoria de su vida anterior, Alex decide encontrar y consumir a aquellos relacionados con la conspiración para descubrir la verdad. Durante su misión, Alex enfrenta a dos facciones: el Cuerpo de Marines de los Estados Unidos y Blackwatch, una unidad de fuerzas especiales de Fort Detrick dedicada a luchar contra la guerra biológica; y a los Infectados, monstruos creados por un virus conocido como BLACKLIGHT que está tomando Manhattan. El capitán Robert Cross (con voz de Jeffrey Pierce), un oficial de Blackwatch, recibe órdenes para encontrar y contener a Alex. Alex contacta con su hermana, Dana (con voz de Lake Bell), quien le ayuda a rastrear a los objetivos, conduciéndolo a infiltrar la sede de Gentek. Encuentra a una joven llamada Elizabeth Greene retenida en el edificio. Greene es una receptora de BLACKLIGHT y, tras su escape, lo desata sobre Manhattan. Dana dirige a Alex hacia Karen Parker, su exnovia. Ella acepta ayudarle a detener el virus, pero requiere que Alex traiga muestras del mismo. Más tarde, Karen lleva a Alex a una trampa, donde se enfrenta a Cross. Durante la batalla, Alex casi derrota a Cross cuando este menciona 'Penn Station', lo que desencadena un flashback que deja a Alex aturdido. Alex es infectado con un parásito que amenaza con matarlo. Busca ayuda del Dr. Ragland, un patologista vinculado a Gentek. Ragland ayuda a Alex a extraer el parásito y convertirlo en un arma contra Greene. Sin embargo, no tiene efecto en Greene, ya que su cuerpo rechazó el parásito de inmediato, y la biomasa rechazada forma un monstruoso ser, el Supremo Cazador, que Alex mata. Se revelan los orígenes del virus y Elizabeth Greene a través de un contacto: en 1969, el gobierno probó el predecesor del virus en Hope, Idaho, diseñado para apuntar a razas predeterminadas. El virus mutó en algo mucho más mortal, infectando a toda la población. Elizabeth Greene fue la única superviviente; una anomalía en su biología aceptó el virus, reescribiendo su código genético junto con el de su hijo no nacido, apodado PARIA. La población restante de Hope, Idaho, fue liquidada por Blackwatch. Greene y PARIA fueron mantenidos en cautiverio para investigar más. Alex descubre su propio pasado: Blackwatch clausuró el proyecto Gentek por filtraciones y ordenó eliminar a todo el personal del proyecto. Alex Mercer tomó una muestra de BLACKLIGHT como "seguro". Finalmente, acorralado por Blackwatch en Penn Station, Alex, en un acto final de desesperación y venganza, rompe el vial que contiene BLACKLIGHT, liberando el virus antes de ser abatido a tiros. El virus entra en su torrente sanguíneo a través de los agujeros de bala y repara su cuerpo a nivel celular. El contacto y Alex colocan un nuevo agente biológico "BLOODTOX" bajo tierra para que el virus salga a la superficie donde pueda ser combatido directamente, haciendo que Greene emerge, encerrada en una monstruosidad gigante. Greene cae del monstruo en forma humana una vez derrotada y es consumida por Alex. A través de sus recuerdos, se hace evidente que el General Randall, jefe de Blackwatch, está dispuesto a destruir Manhattan con una arma nuclear. El contacto, revelado como Cross. Con la ayuda de los capitanes, Alex infiltra el USS Ronald Reagan para detener a Randall. Cuando Alex consume a Randall, se revela que Cross es el Supremo Cazador, quien asumió la identidad de Cross tras consumirlo, y ataca a Alex, afirmando que cuando Blackwatch deje NYZ ya no buscarán a los infectados, y que después de consumir a Alex, será lo suficientemente fuerte para sobrevivir a la detonación nuclear. Alex derrota al Supremo Cazador y transporta el arma al Océano Atlántico con un helicóptero, donde explota y lo atrapa en la ráfaga. Sus restos flotan de vuelta a la ciudad y se regeneran tras consumir a un cuervo. Durante los créditos, se revela que el público considera que fue el ejército quien detuvo la infección; se escucha a un senador de EE. UU. diciendo a los medios que los eventos en Manhattan fueron un caso de terrorismo nuclear y biológico, y promete represalias contra los responsables. Alex, reflexionando sobre los sucesos y la verdad que descubrió sobre sí mismo, afirma que "se ha convertido en algo menos que humano, pero también en algo más". Después de los créditos, se muestra a Manhattan recuperándose lentamente, casi erradicado el virus. Alex, de pie en lo alto del edificio Reuters en Times Square, comenta que su trabajo casi ha terminado.