Prototype 2

Dos años después de los eventos del juego original, el sargento James Heller, tras volver de una gira en Irak, descubre que su esposa e hija han sido declaradas muertas, lo que lo lleva a reincorporarse al ejército en la lucha por NYZ contra el virus Blacklight. Heller recibe información sobre los brotes previos en Idaho en los años 60 y en NYZ durante los eventos del primer juego. Más tarde, encuentra a Mercer y comienza a persiguirlo. Persiguiendo a Mercer por venganza, Heller es infectado por él con una cepa que le otorga habilidades sobrehumanas similares. Tras perder el conocimiento, Heller despierta en un laboratorio de la Zona Amarilla, donde el científico de Gentek, el Dr. Anton Koenig, y el coronel de Blackwatch, Douglas Rooks, están experimentando con él. Heller escapa de la base de Gentek, cuando Mercer lo confronta y afirma que Gentek y Blackwatch son responsables de recrear y cultivar el virus Blacklight, responsabilizándolos de la segunda infección y de la muerte de su familia. Revelando sus planes para derribar a Gentek y Blackwatch, Mercer le propone una tregua a Heller. Dudando de las intenciones de Mercer, Heller acude a su pastor local, el Padre Luis Guerra, en busca de consejo y ayuda. Con la información proporcionada por Guerra, Heller hackea las terminales de Blacknet para descubrir y sabotear varias de sus operaciones. Poco a poco, avanzando por Blackwatch, Heller finalmente encuentra y confronta a Koenig, quien afirma estar de su lado y revela el programa de super soldados de Blackwatch, llamado "Orion". Heller impide el progreso del Proyecto: Orion al matar a un super soldado que había sido inyectado con su ADN. Tras consumir a uno de los científicos principales, Heller descubre que Koenig lo observaba para encontrar sus debilidades. Enfurecido por la traición de Koenig, Heller lo localiza y descubre que tiene poderes similares a los suyos y a Mercer, además de ser uno de varios agentes "Evolucionados" infiltrados en Gentek y Blackwatch por Mercer. Después de vencerlo y consumir al doctor, Mercer revela que planea reclutarlo para controlar NYZ. Con sus dudas creciendo, Guerra le muestra un video en el que Mercer libera el virus por segunda vez en Penn Station, el mismo lugar donde originalmente fue liberado y contraído. Enojado por la traición de Mercer, Heller se dirige a la Zona Roja para acabar con los secuaces de Mercer, incluyendo a una agente Evolved en Gentek llamada Sabrina Galloway; al enfrentarse a Galloway, Heller se ve obligado a unirse a ella cuando ella revela que puede ayudarle a acabar con Mercer. Con la ayuda de Galloway, Heller descubre que Mercer planea infectar a toda la humanidad a través de "Whitelight", una vacuna contaminada liberada por Gentek que en realidad acelera la infección y la evolución en lugar de prevenirlas. Frustrado por los planes de Heller, Mercer mata al Padre Guerra; al encontrar su cadáver, sin embargo, un Heller lleno de dolor usa el teléfono de Guerra para contactar con Athena, la contacto de Guerra que resulta ser Dana Mercer. Dana le explica que la hija de Heller, Maya, aún está viva, lo que impulsa a Heller a dirigirse a la Zona Roja para acabar con Mercer y salvar a Maya. Tras impedir el segundo intento de Blackwatch de nivelar Manhattan, Rooks ayuda a Heller a llegar a su hija, solo para que Galloway lo traicione y lleve a Maya ante Mercer. Al confrontar a Mercer, este revela que planea resolver conflictos internacionales y problemas mundiales infectando a toda la raza humana, creando efectivamente un Superorganismo con Maya en el centro. Después de que Mercer absorbe a Galloway y a los restantes agentes "Evolucionados", ambos se enfrentan en un sanguinario combate, solo para que James triunfe y mate y consuma a Mercer. Posteriormente, Heller elimina a los infectados en NYZ junto con la mayor parte del virus Blacklight; luego, usando los recuerdos absorbidos de Mercer, Heller localiza y libera a Maya y Dana de una bóveda. La historia termina con los tres observando Nueva York, mientras Dana cuestiona qué hacer a continuación.