Blacksite Area 51

El juego comienza con el Capitán Aeran Pierce y el resto de su escuadrón Delta Force Echo siendo enviados a investigar un supesto búnker de armas en Irak. Son acompañados por la jefa de un equipo de ciencia de élite, la Doctora Noa Weis. El búnker está infestado de humanos y animales mutados (referidos colectivamente como Xenos) creados por un cristal alienígena encontrado en el búnker. Este cristal incapacita a Pierce y obliga a la escuadra a retirarse.Tres años después, una milicia fuertemente armada ha tomado el control de Area 51 y las áreas circundantes, acompañada por un brote de criaturas alienígenas idénticas a las encontradas en Irak. La Escuadra Echo y la Doctora Weis han sido elegidos para recuperar la base.