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En marzo de 2006, los Estados Unidos han establecido una presencia militar en el recién independizado país de Timor Oriental para entrenar a las fuerzas militares timorenses en su lucha contra las guerrillas indonesias separatistas. Entre estas guerrillas, la más importante es la Darah Dan Doa (en inglés: Blood and Prayer), liderada por el carismático Suhadi Sadono. Sadono, una vez entrenado por la CIA para luchar contra el comunismo en la región, ha resentido el apoyo de EE.UU. a Timor Oriental y su supuesta interferencia en la soberanía de Indonesia. Sadono orquesta un ataque suicida y un posterior asalto a la embajada de EE.UU. en Dili, capturando a varios miembros del personal militar y diplomático estadounidense, incluido Douglas Shetland, un viejo amigo y camarada de Sam Fisher.