Teenage Mutant Ninja Turtles: Smash-Up

La trama involucra a Splinter organizando un torneo para sus hijos, Casey Jones y April O'Neil; el propio Splinter decide unirse también al torneo. Tras coronar al ganador, se les indica que elijan un trofeo y algo del gabinete personal de Splinter. Sin embargo, de repente, el Profesor Honeycutt los llama por la línea de emergencia, informándoles que ha sido secuestrado por Shredder. Shredder interrumpe la comunicación y sugiere que la línea no es segura, además de bromear con las Tortugas diciéndoles que no podrán recuperar a Fugitoid. Mientras piensan afuera, Karai aparece y dice que Shredder capturó a Fugitoid para obligarlo a crear un Transmat que teletransporte a sus ejércitos por todo el mundo. Después de derrotar a Shredder, Karai revela que usó a las Tortugas para deshacerse de Shredder y poder usurpar al Clan del Pie de su padre. Shredder se reincorpora, y Leonardo lo empuja hacia Karai. Honeycutt activa el interruptor en el Transmat, del cual Shredder y Karai han aterrizado, y los teletransporta a lugares desconocidos. De regreso en las alcantarillas, Splinter entrega los premios al ganador del torneo. El juego viene acompañado de un cómic que explica la historia con más detalle, hasta antes de la derrota de Shredder. Escenas que no aparecen en el juego incluyen a Donatello manipulando al Cetro del Tiempo de Renet para transportarlos a la base de Shredder en Tokio, pero este falla y viajan en el tiempo, lo que explica las extrañas etapas como el Viejo Oeste y un Castillo Japonés. Tras su primer teletransporte con el Cetro, un cocodrilo gigante rompe una pared de alcantarilla, y accidentalmente se transporta a la selva amazónica, lo que explica por qué el peligro del cocodrilo aparece tanto en la etapa de Alcantarillas como en la de la Amazonía. En el Castillo Japonés, las Tortugas enfrentan a un ejército de samuráis que resultan ser el demonio japonés conocido como Oni. La historia termina tras rescatar a Fugitoid y la aparición de Shredder para la batalla.