Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus

El juego comienza con una batalla contra el Foot Clan y Hun en el rascacielos de Oroku Saki. El Foot es derrotado y el Maestro Splinter desaparece misteriosamente. Las Tortugas siguen la pista hasta un edificio marcado como "T.C.R.I.", que revela un secreto extraño bajo su exterior inofensivo: sus empleados son miembros de una raza alienígena cerebral, los Utroms. Mientras enfrentan a estos extraños enemigos, las Tortugas son teletransportadas por accidente a diferentes puntos de la galaxia, encontrándose con el Fugitoid Profesor Honeycutt en D'Hoonib y convirtiéndose en víctimas de la guerra entre los Triceratops y la Federación, ambos lados buscan al Fugitoid por su tecnología. En el camino, se cruzan con un cazarrecompensas intergaláctico llamado Slashuur. Se dice que es el cazador de recompensas más poderoso del universo, y Honeycutt escuchó leyendas de él cuando era niño. Irónicamente, Honeycutt es a quien Slashuur busca, habiendo sido contratado por los Triceratops para capturarlo. Después de que las Tortugas lo vencen, Slashuur revela que tiene conocimientos sobre Hamato Yoshi antes de retirarse. Antes de escapar del hogar de los Triceratops, las Tortugas hacen amistad y liberan a un noble guerrero Triceratops, Traximus, que había sido forzado a luchar como gladiador. Al regresar a la Tierra y al edificio de la T.C.R.I., se revela que los Utroms habían rescatado a un Splinter herido y lo estaban cuidando. Los Utroms colocan a las TMNT y a Splinter en una máquina de realidad virtual para explicarles mejor sus orígenes. Hace cientos de años, los Utroms viajaban por la galaxia transportando a un criminal de su especie, Ch'rell. Su nave se estrella en la Tierra, en Japón. Ch'rell escapa, mientras que los Utroms se ven obligados a esperar a que la tecnología terrestre avances lo suficiente para que puedan regresar a casa. Un tiempo después, tras que los Utroms unen esfuerzos con algunos humanos como Guardian Ninja, son emboscados por un señor de la guerra fuertemente armorado conocido como El Shredder. Mientras tanto, en el mundo real, Baxter Stockman sabotea la máquina de realidad virtual y los peligros internos se presentan como reales a las Tortugas y a Splinter. Después de derrotar a Shredder y sus Ninjas Feudos, las Tortugas se encuentran con el Utrom Mortu, quien les entrega un dispositivo que les permite volver al mundo real. Desafortunadamente, al llegar descubren que Shredder y el Foot atacan el edificio de la T.C.R.I. Durante la batalla, se planta un dispositivo de destrucción orgánico y los Utroms escapan a través de su Transmat. Las Tortugas derrotan a Shredder antes de que pueda alcanzarlos, y se revela que este Shredder no solo es el mismo que vieron en el Japón feudal, sino que también es el malvado Utrom Ch'rell. Las Tortugas escapan del edificio justo antes de que explote el dispositivo, pero Ch'rell no tiene tanta suerte. Luego, las Tortugas encuentran a un caimán antropomórfico gigante llamado Leatherhead en las alcantarillas. Tras un enfrentamiento, Leatherhead comprende que están de su lado. Cuenta su origen: fue un pequeño caimán, encontrado y adoptado por un Utrom. Leatherhead entró en contacto con un Retromutagen Ooze y se convirtió en lo que es ahora, al igual que las Tortugas. Vivió con los Utroms, considerándolos su familia. Cuando explotó el edificio de la T.C.R.I., huyó a las alcantarillas y se estableció en la antigua guarida de las Tortugas, intentando construir su propio Transmat para seguir a los Utroms. Lamentablemente, se revela que su cómplice en este plan no era otro que Baxter Stockman, que fingió estar aliado con los Utroms. Baxter, al darse cuenta de que había sido descubierto, arrojó un tanque de químicos y huyó, provocando el colapso del techo de la guarida de Leatherhead. Leatherhead pide a sus nuevos amigos que escapen mientras él sostiene los escombros que se desploman. Las Tortugas logran escapar justo a tiempo para ver cómo el techo se desploma completamente sobre Leatherhead.