Yu-Gi-Oh GX Spirit Caller

El jugador está en un barco, en camino a Duel Academy, junto a sus amigos Jaden Yuki y Syrus Truesdale. El jugador es asignado en la residencia Slifer Red, y poco después, empiezan a ocurrir cosas extrañas. Tan pronto como estos sucesos inexplicables comienzan, escuchas la voz de un espíritu de duelo. Este espíritu es un espíritu benevolente y te ayudará a luchar y a resolver los misterios que rodean a Duel Academy. La historia sigue de manera general los eventos del anime, pero el jugador ocupa el lugar de los duelos de Jaden. Como Dimitri robando el Deck de Yugi, y el jugador recuperándolo. El juego principalmente abarca el anime, desde el principio hasta el arco de Dark Zane. Debido a que el juego está basado en el anime, aparecerán algunos personajes principales y secundarios. También incluye muchos personajes exclusivos de Spirit Caller; estos aparecen como personajes menores. Más adelante, lucharás contra los 7 Shadow Riders y otras partes de la Temporada Uno, y luego participarás en un torneo.