Teenage Mutant Ninja Turtles 3 Mutant Nightmare

En el Episodio 1, las tortugas comienzan salvando a una persona mayor en la Ciudad de Nueva York de los sadísticos Triceratons. Después de destruir tres portadores que desplegaban al ejército Triceraton, las tortugas se adentran bajo tierra para llegar a Central Park y rescatar a sus amigos Casey y April. Mientras están en el parque, Leo, Raph, Mikey y Don defienden a los habitantes contra los Triceratons y el Profesor Honeycutt, apodado el Fugitoid y salvado de TMNT 2 Battle Nexus, ayuda a las tortugas a localizar dónde están capturados Casey Jones y April O'Neil. Al irrumpir en la base de los Triceratons, Zaranmon, comandante en jefe de los Triceratons, moviliza un robot en un esfuerzo por detener a las Tortugas y a Traximus. El intento de Zaranmon fracasa y Traximus destruye una silla para hacer cambios en su clan. En el Episodio 2, las tortugas descubren nueva tecnología proveniente de Baxter Stockman, ya que los Mousers infiltran las alcantarillas causando un intenso dolor en los oídos del Maestro Splinter. Mientras protegen a su sensei, las tortugas ninja se enfrentan a los Mousers y permanecen cerca de él. Sin embargo, el Maestro Splinter termina siendo capturado y las tortugas usan aerodeslizadores para perseguir una furgoneta en movimiento. Pronto, se encuentran bloqueadas por un dúo de enemigos alto y pequeño para una emboscada. Después de superarlos, las tortugas continúan en su misión de rescate de Splinter, enfrentándose finalmente a Bishop y teniendo que usar estrellas ninja para romper un candado y liberarlo. En el Episodio 3, las Tortugas se enfrentan a todos los miembros del Clan del Pie durante las misiones. Hun, Karai y Oroku Saki, la identidad humana de Shredder, caen ante las tortugas. En la batalla final con Saki, este se transforma en Mega Shredder. Las tortugas ninja lo derrotan y son convocadas ante el consejo de los Utrom para un tribunal. Scherel, el Utrom que controla el cuerpo de Shredder, es acusado de crímenes astutos y es exiliado a un planeta helado, mientras que Karai y los demás son entregados a las autoridades, culminando el juego. En el capítulo de la Pesadilla, cada una de las tortugas tiene un sueño y enfrenta a diversos jefes. Completar la mayoría de las misiones en este capítulo conduce al jefe final del juego, el Drako Supremo. Para usar los pergaminos gembu y activar las formas Tortuga Suprema, el jugador debe recolectar pergaminos y otros contenidos en modo Batalla Libre.