Rockman.EXE Operate Shooting Star

El juego mantiene la misma historia del original, con la única diferencia de la incorporación de dos eventos relacionados con la serie Mega Man Star Force: En el prólogo, Harp Note es secuestrada por ClockMan.EXE (un NetNavi capaz de viajar en el tiempo creando agujeros de gusano), quien escapa hacia la era de Mega Man Battle Network, 200 años en el pasado. El Dr. Goodall prepara un agujero de gusano para que Mega Man Star Force pueda seguirlos, y le advierte que solo podrá regresar a su tiempo si encuentra a ClockMan. Después de la batalla contra ElecMan.EXE, ClockMan captura a Roll.EXE, y MegaMan.EXE busca a ella en Internet tras escuchar que una extraña Navi azul estuvo cerca en ese momento. Al ver a Mega Man Star Force, MegaMan.EXE piensa que es quien capturó a Roll y lucha contra él, pero luego se da cuenta de que es inocente y ambos unen fuerzas para luchar contra ClockMan. Tras derrotar a ClockMan, Mega Man (SF) y Harp Note regresan a su época, y Mega Man (SF) le entrega a MegaMan.EXE un programa que le permite usarlo a él y su Battle Chip. Se agregó una escena adicional durante los créditos que muestra a Mega Man Star Force y Harp Note regresando con éxito a su línea temporal, donde son recibidos por sus amigos, aunque Luna no estaba demasiado contenta de ver a los dos juntos.