Puyo Puyo Fever

El modo historia del juego se divide en tres recorridos que siguen la aventura de Amitie, una chica vivaz que asiste a una escuela de magia, donde Accord le enseña a lanzar hechizos mágicos usando Puyo. En la historia principal del juego, Accord ha perdido su Flying Cane, el equivalente a una varita mágica, y afirma que tiene una recompensa para el estudiante que pueda encontrarla. El jugador asume el papel de Amitie mientras atraviesa el mundo de Puyo Puyo Fever en busca de la varita, conociendo a muchos personajes divertidos y enfrentándose a ellos. En una versión más difícil del modo historia, se juega como la rival de Amitie, Raffina. La historia que se elige determina qué personajes se encontrarán y quién finalmente encontrará la varita. Cuando se juega como Raffina cerca del final del juego, se revela que Accord en realidad nunca perdió su Flying Cane. Ella planea revelar el secreto de Accord y Popoi, pero falla en su ending, ya que es noqueada por Accord, perdiendo todos los recuerdos del incidente con la varita. Recobra la conciencia cerca de su escuela, donde Amitie y sus amigos la felicitan.