Mystical Ninja Starring Goemon

La historia sigue las luchas de Goemon para evitar que la banda de los Shoguns de Peach Mountain convierta Japón en un teatro de bellas artes occidentalizado. La trama incluye tres escenas musicales cinematográficas y batallas entre robots gigantes; como otros juegos de Ganbare Goemon, está salpicada de humor surrealista y anacronismos. El protagonista de Mystical Ninja es Goemon, un ninja apasionado, con un kiseru y cabello azul y tupido, inspirado libremente en el legendario ladrón Ishikawa Goemon. El señor de Oedo le pide que encuentre a quienes herieron el Castillo de Oedo. Goemon vive en Oedo Town y es amigo de Ebisumaru, un extraño y glotón hombre gordo que lleva una bandana azul. Ebisumaru se caracteriza por ser perezoso y pervertido. Su amigo Sasuke, que lanza kunais, es un ninja mecánico (creado por el Sabio de Iga) que disfruta de baños calientes y té japonés. Completa el grupo de héroes Yae, una feroz kunoichi con una espada, que se encuentra con la banda de Goemon en Zazen Town. Los villanos del juego proceden de la organización Shoguns de Peach Mountain e incluyen una banda de cuatro "raros" liderada por Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) y Kitty Lily (Margaret Ranko). Ellos pretenden transformar Japón en un escenario para sus talentos.