Teenage Mutant Ninja Turtles II Back from the Sewers

Similar a Fall of the Foot Clan, el juego anterior de Game Boy en la serie, el jugador puede cambiar entre las tortugas antes de cada nivel. Cada tortuga tiene sus propias fortalezas y debilidades. Donatello tiene un alcance de ataque largo, pero ataca lentamente; Raphael ataca rápidamente pero tiene un alcance muy corto; y Leonardo y Michaelangelo están bien equilibrados. Cuando una tortuga es derrotada, queda capturada por el enemigo. El juego termina cuando todas las tortugas son capturadas. Después de completar un nivel, el jugador tiene la oportunidad de rescatar a una tortuga capturada. Si ninguna tortuga fue capturada, el jugador pasa a una etapa de bonificación. El juego presenta varios elementos de jugabilidad además de los típicos beat-em-ups, como esquivar enormes rocas en los niveles subterráneos, desplazarse en patinetas o escalar plataformas elevadoras, y también cambia de la típica vista en 2D que solo anda hacia la izquierda y derecha a un área más abierta donde las tortugas pueden caminar por toda la pantalla. Los jefes del juego son los villanos estándar: Bebop y Rocksteady, Baxter Stockman, General Traag, Granitor La Guerrera de Piedra, Krang, Shredder y Super Shredder, aunque al igual que en Fall of the Foot Clan, Krang actúa como el jefe final. El juego cuenta con varios niveles de dificultad que, dependiendo de la etapa, hacen aparecer enemigos más poderosos o incluso dan ataques extra a los jefes.