Famicom Detective Club Part II

La escena del prólogo presenta una noche de otoño en la que un chico de 15 años (el protagonista del juego) huye de dos oficiales de policía. Un hombre, respetado por la policía, decide encargarse de la situación él mismo. El hombre lleva al chico a un café, donde este explica que huyó de su orfanato para buscar a sus padres. El hombre se presenta como un detective privado llamado Shunsuke Utsugi y convence al chico de convertirse en su asistente. Unos meses después, Utsugi y el protagonista reciben una llamada para verificar una escena del crimen. La víctima es una estudiante de primer año llamada Yoko Kojima. El protagonista empieza a recopilar información en la Escuela Secundaria Ushimitsu para resolver el caso de Yoko y vincularlo con el caso de Genjiro Kaneda, con la ayuda de las dos amigas de Yoko, una chica llamada Ayumi Tachibana y un chico llamado Hitomi Kawaii. Pronto se descubre que Yoko estaba muy involucrada en una investigación sobre "El cuento de la chica que se queda atrás", un rumor que involucra a un espíritu de una chica ensangrentada que se aparece detrás de un estudiante, y el trío se embarca para descubrir la verdad tras este rumor.