Famicom Tantei Club Part II

La escena del prólogo presenta una noche de otoño en la que un niño de 15 años (el protagonista del juego) huye de dos oficiales de policía. Un hombre, respetado por la policía, decide encargarse de la situación por sí mismo. El hombre lleva al niño a una cafetería, donde este explica que huyó de su orfanato para buscar a sus padres. El hombre se presenta como un detective privado llamado Shunsuke Utsugi y convence al niño para que se convierta en su asistente. Unos meses después, Utsugi y el protagonista reciben una llamada telefónica para revisar una escena del crimen. La víctima del asesinato es una estudiante de primer año llamada Yoko Kojima. El protagonista comienza a recopilar información en Ushimitsu High School para resolver el caso de Yoko y relacionarlo con el caso de Genjiro Kaneda, con la ayuda de las dos amigas de Yoko, una chica llamada Ayumi Tachibana y un chico llamado Hitomi Kawaii. Pronto se descubre que Yoko estaba investigando a fondo "La historia de la chica que se quede detrás", un rumor que involucra a un fantasma de una niña ensangrentada que se encuentra detrás de una estudiante, y el trío se pone en marcha para descubrir la verdad detrás de este rumor.