Sly Spy

La trama se asemeja a algunas películas y novelas de la serie James Bond y tiene lugar en EE.UU. en un período de tiempo no especificado que el juego describe como "199X". Durante la secuencia de introducción, el presidente y su esposa saludan a la multitud junto a una limusina en la Casa Blanca en Washington D.C., cuando terroristas (algunos volando con jetpacks) se acercan armados y peligrosos al presidente y su esposa, y, en cuanto la pantalla se vuelve roja y se escuchan sonidos de armas, parecen disparar no solo a la multitud, sino también al presidente y a la primera dama, quienes ambos se presumen muertos. Más tarde, un agente secreto que trabaja para el servicio secreto estadounidense, y conocido solo con el nombre de Sly, es informado de que los terroristas que atacaron la ceremonia presidencial fueron ubicados, identificados y confirmados como miembros del CWD (Concejo para la Dominación Mundial). El CWD es una organización criminal secreta y clandestina con fundamentos terroristas, involucrada en el tráfico de drogas y armas, y en la corrupción gubernamental, y que en última instancia planea la conquista del mundo. Sly es asignado por el servicio secreto para eliminar al CWD. Escuchando la desesperada súplica del mundo por la libertad y con la esperanza de proteger a quienes más ama, Sly salta de un avión hacia Washington D.C., y comienza su campaña para impedir que los terroristas infiltren no solo la ciudad, sino varios puntos en EE.UU., y también evitar que un misil nuclear sea lanzado y golpee la Tierra.