Star Trek the Next Generation

Le jeu commence avec l'USS Enterprise (NCC-1701-D) en orbite autour d'une étoile géante rouge près du bord de la Zone Neutre (l'étoile affecte négativement les capteurs romulans, rendant l'Enterprise indétectable). Ils surveillent la frontière en réponse à une augmentation de l'activité romulane ; ces derniers ont récemment perdu contact avec un vaisseau patrouillant dans la Zone Neutre. Starfleet a accepté d'aider à toute tentative d'enquête en signe de bonne volonté. Les Romulans refusent l'aide et préfèrent gérer la situation eux-mêmes, ce qui incite naturellement Starfleet à renforcer ses patrouilles frontalières. Dès le début du jeu, l'Enterprise reçoit un signal de détresse, diffusé sur toutes les fréquences. Il a été envoyé par le Dr T'Laris, une géologue vulcaine stationnée sur une planète du système Codis Mu (Codis Mu VI), et dans le message, elle indique que son site d'excavation a été récemment attaqué par des Romulans, et que les assaillants sont toujours présents. L'Enterprise répond à son appel à l'aide et se met en route vers son site d'excavation. Au fur et à mesure que le jeu progresse, le joueur découvre davantage la mission du vaisseau romulain disparu, ainsi que celle de l'IFD. L'Enterprise entre également en contact avec une race extraterrestre connue sous le nom de Chodak, des créatures mollusques hostiles qui accostent constamment l'Enterprise alors qu'il traverse l'espace connu en recueillant des indices sur l'IFD. Il est aussi question d'une race aujourd'hui éteinte, les Sénatorieux, qui furent la dernière race à posséder l'IFD ; la raison de sa résurgence est que les Sénatorieux comprirent qu'ils utilisaient l'IFD à leur propre profit au détriment de toutes les autres races, et décidèrent judicieusement de l'envoyer dix mille ans dans le futur, dans l'espoir que les civilisations de cette époque pourraient utiliser l'IFD pour le bénéfice mutuel de toutes les races. Une autre race, les Eunaciens maigres, ne sont rencontrés qu'une seule fois : après que l'Enterprise a réparé leur vaisseau, ils racontent à Jean-Luc Picard les Épreuves de l'IFD et leur intention d'y participer. Cependant, avec leur vaisseau hors service, et le reste de leur race résidant dans le Quadrant Gamma, ils confient à la Fédération la récupération de l'IFD et son utilisation judicieuse.