Nazo Puyo

Dans le mode Quête, on vous donne un défi ainsi qu'un plateau qui peut ou non contenir déjà des puyos. Vous devez relever le défi en utilisant le nombre minimum de puyos nécessaires. Si vous échouez, le jeu génère une chaîne aléatoire de puyos qui ne vous permettra plus jamais de terminer la mission, vous obligeant à remplir l'écran ou à abandonner. Sinon, les contrôles sont identiques à ceux de Puyo Puyo. Si un plateau contient des puyos qui ne sont pas tous au sol, ou quatre ou plus de puyos de la même couleur connectés, vous pourrez positionner une paire de puyos avant qu'ils ne tombent ou ne soient éliminés. Cela sera essentiel pour réussir ces missions. Le créateur de puzzles vous permet de réaliser vos propres énigmes Nazo Puyo. La création de puzzles nécessite de naviguer à travers plusieurs écrans via un menu. Le premier écran vous permet de disposer la plaque de départ ; appuyer sur 1 place un puyo, maintenir 2 tout en déplaçant la croix directionnelle pour sélectionner un puyo à placer depuis la droite. Le deuxième écran choisit le puzzle : Haut et Bas changent de puzzle, Gauche et Droite augmentent le nombre ou changent la couleur, et 1/2 confirment la sélection. Le troisième écran détermine les couleurs de puyos qui apparaîtront ; 1/2 basculent entre les options. Le quatrième écran sélectionne les paires de puyos qui tomberont — les contrôles sont les mêmes que pour le premier écran, et après huit paires, le jeu donne deux couleurs aléatoires. Le cinquième écran correspond au puzzle lui-même ; le sixième revient au menu principal.