Metal Slug X

Le général Donald Morden, l'antagoniste du premier jeu, est de retour avec son armée, déterminé à conquérir le monde. C'est au tour de l'équipe Peregrine Falcon, désormais épaulée par deux nouveaux personnages : Eri Kasamoto et Fiolina Germi de l'Unité de Renseignement des Sparrows, de sauver la situation. Au fil des niveaux, il s'avère que Morden s'est allié à des Martiens pour faciliter ses plans. Finalement, la situation s'inverse lorsque Morden est attaqué et trahi par ses alliés martiens. Une alliance improvisée se forme entre l'équipe Peregrine Falcon et l'armée de Morden pour lutter contre cette menace extraterrestre plus grande.