Bad Apple Wars [Day One Edition]

Le jeu suit Rinka, qui, en se rendant à son premier jour au lycée, est renversée et tuée sur un passage piéton par une voiture qui passe alors qu'elle s'arrête pour ramasser sa chaussure qui lui échappe. Après sa mort, elle est accueillie par M. Lapin (un enseignant portant un masque de lapin) dans l'au-delà, devant NEVAEH Academy, un lieu semblable à un purgatoire pour les élèves décédés, avec des règles strictes incluant un port de couvre-chefs masqués pour tous les enseignants et étudiants. Un professeur de l'école, M. Lapin, la conduit à la cérémonie d'ouverture de l'académie, qui est attaquée par les « Bad Apples », un groupe d'étudiants s'opposant à la nature autoritaire et stricte de l'établissement. Les joueurs ont le choix de se ranger du côté des mauvaises pommes ou des bonnes pommes (ceux qui respectent les règles de l'administration scolaire, y compris les délégués étudiants qui les appliquent), chaque voie proposant des parcours variés et plusieurs fins dépendant des choix effectués par le joueur durant sa partie.