Teenage Mutant Ninja Turtles Mutants in Manhattan

La nuit, au sommet du bâtiment TCRI, Krang et Shredder se rencontrent sur le toit-terrasse pour confirmer que tout est en place pour leur alliance en vue d'un objectif non spécifié. Sur un geste de Shredder, des centaines de soldats du Foot Clan descendent sur la ville, déclenchant une vague de criminalité titanesque qui plonge la city dans le chaos. Dans leur repaire, profondément sous les rues, les Turtles discutent de cette vague de crimes avec Splinter et April O'Neil, concluant qu'ils sont liés par l'honneur à protéger la ville et sortent pour faire justement cela, même si Michelangelo, occupé à finir une pizza, se sent aussi « lié par l'honneur » au boulot. En patrouillant sur les toits, les Turtles repèrent des soldats du Foot se faufilant dans le territoire des Purple Dragons, puis descendent dans les rues pour enquêter sur cette anomalie et éliminer les ninjas rivaux. En empêchant les crimes du Foot dans la zone, ils recueillent assez d'informations pour qu'April déduise que Bebop vole à la banque locale et l'affrontent dans le coffre-fort avec des mouvements de ninja dévastateurs et des jeux de mots sur les tirelires encore pires. Vaincu, Bebop crible un trou dans le mur et s’enfuit, laissant derrière lui son sac de sport rempli de cash volé. Leonardo, Raph et Donatello se demandent pourquoi Bebop aurait pris la peine de braquer l’endroit pour laisser ses butins derrière lui. Mickey, quant à lui, tente de profiter d’une pile de billets qu’il a dérobés, en composant une commande de plusieurs milliers de pizzas et sticks de pain... mais il doit annuler, car les autres Turtles ne sont pas très amusés. En enquêtant sur une activité de métro perturbée, les Turtles découvrent d’importants dégâts sur les boîtes de commutation des systèmes, coupant des lignes entières et risquant de futures collisions. La quantité de débris indique une force probablement issue de mutants plutôt que d’armes ninja classiques. Ils trouvent une station voisine déjà arrêtée, infestée non seulement par des ninjas du Foot mais aussi par des Rock Soldiers du Dimension X. Après avoir accompli suffisamment d’objectifs, ils recueillent les renseignements nécessaires pour désactiver une grille laser et avancer dans une ligne active, où ils doivent affronter des vagues de Mousers ainsi que des Rock Soldiers plus grands pour désamorcer une série de bombes et une dernière grille laser, avant d’affronter Rocksteady dans une station abandonnée. Bien qu’il soit vaincu, le rhinocéros promet aux Turtles que le chaos jusqu’ici n’est que « le début », utilisant un train de métro arrivant pour disparaître dans l’ombre.