NieR: Automata The End Of YoRHa Edition

Les premières et deuxièmes parties suivent les points de vue respectifs de 2B et 9S lors d'une invasion initiale. Après avoir ouvert une voie pour de futures missions, ils sont envoyés déloger les menaces mécaniques pour la Resistance, dirigée par Anemone, qui leur apporte son soutien. Au cours de leurs missions, 2B et 9S découvrent que les machines explorent les sociétés et concepts humains. Ils collaborent avec un groupe de machines pacifistes dirigé par Pascal ; affrontent Adam et Eve, manifestations physiques du réseau de machines qui révèlent que leurs créateurs ont été détruits il y a des siècles, et rencontrent A2, un androïde rebelle en fuite de YoRHa. Adam est tué par 2B après avoir capturé 9S. Pendant sa convalescence, 9S découvre une erreur dans les serveurs de YoRHa lors de la synchronisation avec 2B, et apprend que l'humanité a été éradiquée bien avant l'invasion extraterrestre. Leur dernier vestige est un serveur basé sur la Lune, contenant le reste du génome incomplet de l’humanité. YoRHa perpétue le mythe de leur survie pour maintenir le moral et donner un « dieu » pour que les androïdes se battent. Avec Adam mort, Eve devient folle de chagrin et entraîne les machines sous son commandement dans une frénésie. 2B et 9S tuent Eve pour mettre fin à la folie, mais 9S est infecté par le virus de logique d'Eve, obligeant 2B à le tuer. Cependant, la conscience de 9S survit au sein du réseau local de machines. La troisième partie commence lorsque YoRHa lance une invasion à grande échelle. Une attaque de virus de logique—activée par la "glitch" que 9S a découverte précédemment—corrompt chaque unité YoRHa, y compris celles du Bunker, à l’exception de 2B et du 9S restauré. 2B et 9S sont séparés à la suite de l’attaque, et 2B est infectée par le virus de logique. Repérée par A2, 2B télécharge ses souvenirs dans son épée et lui demande de veiller sur 9S. Un 9S ignorant assiste à A2 tuant militairement 2B dans sa miséricorde, jurant de se venger. En même temps, une tour créée par les machines se dresse sur la terre, séparant les deux avant qu'ils ne puissent se battre. La perspective se divise entre A2 et 9S deux semaines après ces événements. A2 — survivante d’un test de YoRHa — se sent empathique envers les machines ; elle voit le village de Pascal détruit, puis ses « enfants » se suicider par peur lors d’une attaque. Pascal supplie A2 d’effacer sa mémoire ou de le tuer ; A2 peut effectuer l’un ou l’autre ou le laisser. Un 9S de plus en plus instable enquête sur les plateformes de collecte de ressources de la tour, combattant des restes de machines et découvrant que la tour est conçue pour lancer un missile sur le serveur de la Lune. Les deux finissent par entrer dans la tour, avec Devola et Popola se sacrifiant pour l’ouvrir.