Teenage Mutant Ninja Turtles 3 Mutant Nightmare

Dans l'Épisode 1, les Tortues commencent par sauver une personne âgée à New York des Triceratons sadiques. Après avoir détruit trois porte-avions déployant l'armée Triceraton, les Tortues se rendent sous terre pour atteindre Central Park et sauver leurs amis Casey et April. Sur place, Leo, Raph, Mikey et Don se défendent contre les Triceratons, et le Professeur Honeycutt, identifié comme le Fugitoid, sauvé de TMNT 2 Battle Nexus, aide les Tortues à localiser Casey Jones et April O'Neil, retenus captifs. En s'introduisant dans la base des Triceratons, Zaranmon, commandant en chef, mobilise un robot pour stopper les Tortues et Traximus. La tentative de Zaranmon échoue et Traximus brise une chaise pour marquer un changement dans leur clan. Dans l'Épisode 2, les Tortues découvrent une nouvelle technologie provenant de Baxter Stockman, tandis que des Mouser infiltrent les égouts, causant une douleur intense aux oreilles du Maître Splinter. Alors qu'ils protègent leur sensei, les Tortues ninja repoussent les Mouser tout en restant proches de lui. Cependant, Maître Splinter finit par être capturé, et les Tortues utilisent un hovercraft pour poursuivre un camion. Ils sont bientôt bloqués par un duo ennemi, grand et petit, pour une embuscade. Une fois qu'ils ont dépassé l'ennemi, les Tortues reprennent leur mission de sauvetage de Maître Splinter, combattant finalement Bishop, puis utilisant des étoiles de lancer pour briser une serrure et le libérer. Dans l'Épisode 3, les Tortues rencontrent tous les membres de la Foot Clan lors de diverses missions. Hun, Karai et Oroku Saki, l'identité humaine du Shredder, chutent face aux Tortues. Lors du combat final avec Saki, il est mis à niveau en Mega Shredder. Les Tortues le battent, puis sont convoquées par le conseil Utrom pour un tribunal. Scherel, l'Utrom contrôlant le corps de Shredder, est accusé de crimes perfides et exilé sur une planète glacée, tandis que Karai et les autres sont remis aux autorités, la partie principale du jeu se terminant. Dans le chapitre Cauchemar, chacune des Tortues fait un rêve et rencontre divers boss. La plupart des missions de ce chapitre mènent au boss final du jeu, Ultimate Drako. Pour utiliser les parchemins Gembu afin d'activer la forme ultime des Tortues, le joueur doit collectionner ces parchemins et d'autres contenus en mode Combat Libre.