BlackSite

Le jeu commence avec le capitaine Aeran Pierce et le reste de sa Delta Force Echo Squad envoyés pour enquêter sur un supposé bunker d'armes en Irak. Ils sont accompagnés de la chef d'une équipe scientifique d'élite, le docteur Noa Weis. Le bunker est infesté d'humains et de faune mutés (appelés collectivement Xenos) créés par un cristal extraterrestre trouvé dans le bunker. Ce cristal incapacite Pierce et oblige l'équipe à battre en retraite. Trois ans plus tard, une milice lourdement armée a pris le contrôle de l'Area 51 et de ses environs, accompagnée d'une épidémie de créatures extraterrestres identiques à celles rencontrées en Irak. Echo Squad et le docteur Weis ont été chargés de reprendre la base.