Mega Man Zero 3

Avec la Résistance de Ciel, il a vaincu Copy X, le souverain de Neo Arcadia. La terreur du régime Neo Arcadian a pris fin, mais la pénurie d'énergie est restée un problème constant. Ciel s'est consacrée à la recherche de nouvelles formes d'énergie. Et Elpizo est devenu le nouveau leader de la Résistance. Cependant, submergé par son désir de pouvoir, Elpizo a réveillé l'Elfe Sombre, dont la magie avait autrefois presque détruit le monde. Elpizo, avide du pouvoir de l'Elfe Sombre, a perdu de vue sa véritable mission, et a finalement été vaincu après un combat acharné. Cependant, l'Elfe Sombre a fui, sa destination restant inconnue... Le combat contre l'Elfe Sombre ne faisait que commencer. Deux mois après les événements de Mega Man Zero 2, un vaisseau spatial qui s'est récemment écrasé dégage une énergie similaire à celle de l'Elfe Sombre. Zero, Ciel et deux membres de la Résistance partent à l'aventure pour enquêter. Peu après le début de la mission, Ciel et les deux résistants sont capturés par Neo Arcadia alors que Zero pénètre dans le vaisseau. Cependant, ils ne sont ni blessés ni prisonniers, car un incident éclate impliquant un géant Reploid nommé Omega, que même Leviathan et Fefnir réunis ne peuvent gérer. Zero interrompt la bataille et doit gérer la situation seul. Peu après, le Dr Weil fait son apparition, avec un Copy X apparemment ressuscité, qui reprend alors le leadership de Neo Arcadia, au grand dam de Harpuia.