Mega Man Zero 2

Un an s'est écoulé depuis que Zero a vaincu Copy X. Il a depuis passé son temps à arpenter le désert, affrontant vague après vague de Pantheons. Au début du jeu, Zero, épuisé, progresse à travers une tempête de sable enveloppé dans une cape en lambeaux. À mesure que les vents faiblissent, il comprend qu'il est une nouvelle fois poursuivi par des ennemis. Malgré son état d'usure, avec une armure fissurée et des armes cassées (son bâton et son bouclier inutilisables), sa cape est emportée par le vent et son fusil Buster Shot est dégainé en défense. Ailleurs, les trois derniers membres des Quatre Gardiens (Phantom s'étant autodétruit en tentant d'arrêter l'assaut de Zero sur Area X dans le précédent jeu) ont pris le commandement de Neo Arcadia, avec Harpuia comme leader. La mort de Copy X a été maquillée, les humains le venerant comme leur sauveur. Harpuia quitte Neo Arcadia et rencontre Zero après sa bataille dans le désert. Il l'amène à la nouvelle base de la Résistance où Zero est réparé et retrouve Ciel ainsi que le reste de la Résistance, et fait également la connaissance de leur nouveau commandant, Elpizo. Seule dans son bureau, Ciel raconte à Zero les changements intervenus durant son absence, tout en lui rappelant son objectif ultime de créer un nouveau système énergétique. Elle lui montre un Baby Elf, qui constitue la base de ses recherches actuelles.