Mega Man X3

Zero, qui était revenu en tant que chasseur irrégulier, est devenu le commandant de l'Unité des Forces Spéciales Zero et a continué à éliminer les irréguliers aux côtés de X, qui agissait comme commandant de l'Unité d'élite 17, ainsi que d'autres chasseurs de l'unité. Dans le même temps, le Dr Doppler, un scientifique de type reploid, a mené des recherches révélant que le virus informatique "Virus Sigma" était à l'origine des irrégularités, développant un virus antibiotique spécial et proposant de l'injecter dans les reploids. En conséquence, le nombre d'irrégularités a diminué. De plus, le Dr Doppler a déclaré qu'il construirait "Doppeltown", une ville pacifique où humains et reploid pourraient coexister, et il a obtenu le soutien des deux camps. Cependant, quelques mois plus tard, Doppler et ses Reploidss, qui avaient été exposés au virus antibiotique mentionné ci-dessus, se sont rebellés. Les Chasseurs Irréguliers ont reconnu Doppler et les participants à la rébellion comme étant eux-mêmes irréguliers, et X et Zero ont reçu l'ordre d'intervenir.