Yu-Gi-Oh! Shin Duel Monsters

Le jeu commence dans l'Égypte ancienne, avec le Prince Atem qui s'infiltre hors du palais pour voir ses amis, Jono et Teana, aux terrains de duel. Là, ils assistent à une cérémonie menée par les magiciens, beaucoup plus sombre que celles qu'ils connaissent habituellement. Après la cérémonie, Atem affronte l'un des prêtres, nommé Seto, et le bat. De retour au palais, Atem est rapidement envoyé se coucher par Simon Muran, son tuteur et conseiller. En s'éloignant, Muran apprend par un garde que le grand prêtre Heishin a envahi le palais en utilisant une magie étrange. Muran part à la recherche de Heishin. Lorsqu’il le trouve, Heishin lui annonce qu’il a trouvé la Puissance des Ténèbres, puis utilise le Millennium Rod pour frapper Muran. Quand Heishin retrouve Atem, il menace de tuer le roi et la reine d’Égypte s’il ne lui remet pas le Puzzle Millénaire. Muran apparaît derrière Heishin et ordonne à Atem de briser le puzzle. Obéissant, Atem brise le puzzle, et Muran se scelle lui-même ainsi qu’Atem à l’intérieur, en attendant que quelqu’un le reconstitue. Cinq mille ans plus tard, Yugi Mutou reconstitue le puzzle. Il parle à Atem à l’intérieur du puzzle, et Atem lui donne six cartes blanches. Ne sachant pas à quoi elles servent, il les emporte à un tournoi de Duel. Après avoir vaincu un des duelistes, une des cartes est remplie d’un objet du Millennium. Réalisant à quoi servent ces cartes, Yugi termine le tournoi en remplissant les six cartes avec des objets du Millennium. Cela permet à Atem de revenir à son époque. De retour dans son époque, Muran raconte à Atem ce qui s’est passé depuis qu’il a été scellé. Heishin et les magiciens ont pris le contrôle du royaume avec les objets du Millennium, et la seule façon de libérer le royaume est de récupérer ces objets chez les magiciens qui les gardent. Après avoir transmis cela, Muran meurt. Après avoir rejoint Jono et Teana, il se rend au palais détruit et le fouille. Il trouve Seto, qui lui donne une carte avec l’emplacement des magiciens et des objets du Millennium, et lui demande de les vaincre. Après qu’Atem ait récupéré tous les objets du Millennium sauf un, Seto le mène à Heishin, qui détient le Millennium Rod. Atem le bat, mais découvre que Seto a également le Millennium Rod, et qu’il voulait utiliser Atem pour rassembler les objets en un seul endroit. Atem affronte Seto dans un duel pour les objets et le bat, mais après le duel, Heishin s’empare des objets et les utilise pour invoquer DarkNite. Espérant utiliser DarkNite pour détruire ses ennemis, il lui manque l’objet prouvant son autorité et, en conséquence, DarkNite transforme Heishin en carte. Maintenant transformé en carte à jouer, DarkNite se moque de Heishin avant de brûler la carte. Après qu’Atem ait montré qu’il possède les objets du Millennium, DarkNite le défie en duel. Atem le bat, et il se transforme en Nitemare, qui le provoque à nouveau. Atem le vainc une seconde fois, et Nitemare, à contrecœur, retourne d’où il vient. Atem peut alors prendre le trône et diriger son peuple en paix.