Puyo Pop Fever

Le mode histoire du jeu est divisé en trois parcours qui suivent l'aventure d'Amitie, une jeune fille pleine de punch qui fréquente une école de magie, où Accord lui apprend à lancer des sorts magiques en utilisant des Puyos. Dans le récit principal du jeu, Accord a perdu sa Flying Cane, l'équivalent d'une baguette magique, et affirme qu'elle a une récompense pour l'étudiant qui pourra la retrouver. Le joueur incarne Amitie qui s'aventure à travers le monde de Puyo Puyo Fever pour retrouver la canne, tout en rencontrant de nombreux personnages loufoques et en les affrontant. Dans une version plus difficile du mode histoire, on joue le rôle de la rivale d'Amitie, Raffina. Le mode histoire que l'on choisit détermine quels personnages on rencontre et qui finira par retrouver la baguette. Lorsqu'on joue en tant que Raffina vers la fin du jeu, il est révélé qu'Accord n'a jamais réellement perdu sa Flying Cane. Elle prévoit alors de révéler le secret d'Accord et de Popoi, mais échoue dans sa fin, étant brisée de force par Accord qui la met hors de combat, perdant ainsi tous ses souvenirs de l'incident avec la cane. Elle reprend conscience près de son école où Amitie et ses amis la félicitent.