Prototype 2

Deux ans après les événements du jeu original, le sergent James Heller, après un retour de tournée en Irak, découvre que sa femme et sa fille sont déclarées mortes, ce qui le pousse à rejoindre à nouveau l'armée dans le combat pour NYZ contre le virus Blacklight. Heller est informé des précédentes épidémies en Idaho dans les années 60 et à NYZ lors des événements du premier jeu. Il finit par retrouver Mercer et se lance à sa poursuite. Poursuivant Mercer pour obtenir sa vengeance, Heller est infecté par Mercer avec une souche qui lui confère des capacités quasi-humaines similaires. Après avoir perdu connaissance, Heller se réveille dans un laboratoire de la Zone Jaune, où le scientifique de Gentek, le Dr Anton Koenig, et le colonel de Blackwatch, Douglas Rooks, l’expérimentent. Heller s’échappe de la base Gentek, lorsque Mercer l’intercepte et affirme que Gentek et Blackwatch sont responsables de la recréation et de la culture du virus Blacklight, les rendant responsables de la seconde infection et de la mort de sa famille. En révélant ses plans pour démanteler Gentek et Blackwatch, Mercer propose une trêve à Heller. Sceptique quant aux véritables intentions de Mercer, Heller se tourne vers son pasteur local, le père Luis Guerra, pour obtenir des conseils et de l’aide. Using information supplied by Guerra, Heller hacks into Blacknet Terminals to find out about and sabotage a number of their operations. Gradually consuming his way through Blackwatch, Heller eventually finds and confronts Koenig, who claims to be de son côté et révèle le programme de super-soldats de Blackwatch, nommé "Orion". Heller empêche la progression du projet : Orion en tuant un super-soldat injecté avec son propre ADN. Après avoir consommé l’un des scientifiques en chef, Heller découvre que Koenig le surveillait pour connaître ses faiblesses. Furieux de la trahison de Koenig, Heller le traque, pour découvrir qu’il possède des pouvoirs similaires aux siens et à Mercer, et qu’il fait partie de plusieurs agents "Evolués" implantés dans Gentek et Blackwatch par Mercer. Après avoir battu et consumé le docteur, Mercer révèle à Heller qu’il prévoit de l’engager pour maîtriser NYZ. Ses doutes grandissant, Guerra montre à Heller une vidéo de Mercer libérant le virus pour la seconde fois à Penn Station, le même endroit où Mercer l’avait initialement libéré et contracté. Enragé par la tromperie de Mercer, Heller se rend dans la Zone Verte pour traquer les agents de Mercer, y compris une agent Évoluée de Gentek nommée Sabrina Galloway ; face à elle, Heller, contraint, s’allie avec elle lorsque celle-ci lui révèle qu’elle peut l’aider à faire tomber Mercer. Avec l’aide de Galloway, Heller découvre rapidement que Mercer prévoit d’infecter le monde entier à travers "Whitelight", un vaccin contaminé lancé par Gentek mais qui accélère en réalité l’infection et l’évolution plutôt que de la prévenir. Frustré par les sabotages de ses plans par Heller, Mercer tue le père Guerra ; en découvrant son cadavre, Heller, profondément meurtri, utilise le téléphone de Guerra pour contacter Athena, l’interlocutrice de Guerra, qui se révèle être Dana Mercer. Dana explique que la fille de Heller, Maya, est toujours vivante, ce qui pousse Heller à se rendre dans la Zone Rouge pour éliminer Mercer et sauver Maya. Après avoir empêché la seconde tentative de Blackwatch d’effacer Manhattan, Rooks aide Heller à atteindre sa fille, mais Galloway le trahit en l’amenant auprès de Mercer. Face à Mercer, celui-ci révèle qu’il compte résoudre les conflits internationaux et les problèmes mondiaux en infectant toute l’humanité, créant ainsi un Superorganisme avec Maya au centre. Après la absorption par Mercer de Galloway et des autres agents Évolués, une bataille sanglante s’engage. Heller en sort victorieux, tuant et consommant Mercer. Ensuite, Heller élimine les infectés dans NYZ ainsi que la majeure partie du virus Blacklight ; utilisant ensuite les souvenirs absorbés de Mercer, Heller localise et libère Maya et Dana d’un coffre-fort. L’histoire se termine avec les trois surplombant New York, tandis que Dana interroge Heller sur la suite à donner.