Prototype

Le jeu suit Alexander J. Mercer (doué par Barry Pepper), qui se réveille dans une morgue située au sous-sol de Gentek, une entreprise de génie génétique basée à Manhattan. Deux scientifiques, sur le point de pratiquer une autopsie, prennent la fuite. Alex s’échappe et assiste à leur déploiement, lorsqu’il voit ces derniers se faire tirer dessus par des opérateurs militaires. Alex est découvert et attaqué. Il survit à des tirs qui le frappent au thorax, puis saute par-dessus un mur pour se réfugier. Rapidement, il découvre qu’il possède maintenant de puissantes capacités de métamorphose, une force, une vitesse, une agilité, une durabilité, des sens, une endurance, des armements, et la faculté de « consommer » des personnes pour acquérir leurs mémoires, compétences et apparence. N’ayant aucun souvenir de sa vie antérieure, Alex décide de traquer et consommer ceux liés à la conspiration pour découvrir la vérité. Au cours de sa quête, Alex affronte deux factions : le Corps des Marines des États-Unis et Blackwatch, une unité des forces spéciales de Fort Detrick dédiée à la lutte contre la guerre biologique ; ainsi que les Infected, des monstres créés par un virus appelé BLACKLIGHT qui envahit Manhattan. Le capitaine Robert Cross (doué par Jeffrey Pierce), officier de Blackwatch, reçoit l’ordre de retrouver et de contenir Alex. Alex entre en contact avec sa sœur, Dana (douée par Lake Bell), qui l’aide à traquer ses cibles, menant à l’infiltration du siège de Gentek. Il découvre une jeune femme nommée Elizabeth Greene confinée dans le bâtiment. Greene est un hôte pour BLACKLIGHT et, à sa fuite, la libère pour qu’il se propage à Manhattan. Dana dirige Alex vers Karen Parker, son ex-petite amie. Elle accepte de l’aider à arrêter le virus, en exigeant d’Alex qu’il lui ramène des échantillons du virus. Plus tard, Karen piège Alex, qui se retrouve face à Cross. Lors de leur combat, Alex est sur le point de vaincre Cross lorsque ce dernier évoque « Penn Station », déclenchant un flashback qui laisse Alex étourdi. Alex est injecté avec un parasite qui menace de le tuer. Il cherche de l’aide auprès du Dr Ragland, un pathologiste lié à Gentek. Ragland aide Alex à retirer le parasite et à le transformer en arme contre Greene. Mais cela n’a aucun effet sur Greene, son corps rejetant immédiatement le parasite, qui forme alors un être monstrueux, le Supreme Hunter, que Alex tue. Les origines du virus et d’Elizabeth Greene sont révélées à travers un contact : en 1969, le gouvernement testait le virus précurseur à Hope, Idaho, conçu pour cibler des races prédéterminées. Le virus a muté en quelque chose de beaucoup plus mortel, infectant toute la population. Elizabeth Greene a été la seule survivante ; une anomalie dans la biologie de son corps a accepté le virus, réécrivant son code génétique avec celui de son fils à naître, surnommé PARIAH. La population restante de Hope, Idaho, fut liquidée par Blackwatch. Greene et PARIAH ont été maintenus en captivité pour de nouvelles recherches. Alex découvre son propre passé : Blackwatch a arrêté le projet Gentek suite à des fuites et a ordonné l’élimination de tout le personnel impliqué. Alex Mercer a pris un échantillon de BLACKLIGHT en guise d’« assurance ». Finalement, pris en chasse par Blackwatch à Penn Station, Alex, dans un dernier acte de désespoir et de vengeance, brise la fiole contenant le BLACKLIGHT, libérant le virus avant d’être abattu. Le virus pénètre dans le sang d’Mercer à travers les balles, et répare son corps au niveau cellulaire. Le contact et Alex implantent un nouvel agent biologique « BLOODTOX » sous terre afin de faire remonter le virus à la surface pour qu’il puisse être combattu directement, ce qui oblige Greene à apparaître, enfermée dans une monstruosité géante. Greene tombe du monstre sous sa forme humaine une fois vaincue, et est consommée par Alex. À travers ses souvenirs, il apparaît que le général Randall, chef de Blackwatch, est prêt à détruire Manhattan avec une arme nucléaire. L’intermédiaire, révélé comme étant Cross. Avec l’aide du Capitaine, Alex infiltre l’USS Ronald Reagan pour arrêter Randall. Une fois qu’Alex consomme Randall, Cross se révèle être le Supreme Hunter, qui a assumé l’identité de Cross après l’avoir consumé, puis attaque Alex, affirmant que lorsque Blackwatch quittera NYZ, ils ne rechercheront plus d’infectés, et qu’après avoir consumé Alex, il sera suffisamment fort pour survivre à la détonation nucléaire. Alex vainc le Supreme Hunter et déplace l’arme dans l’océan Atlantique à l’aide d’un hélicoptère, où elle explose, le prenant dans la déflagration. Ses restes flottent de retour en ville et se régénèrent après avoir consommé un corbeau. Pendant le générique de fin, il est révélé que le public considère que ce sont l’armée qui a arrêté l'infection ; un sénateur américain déclare aux médias que les événements à Manhattan furent une forme de terrorisme nucléaire et biologique, promettant une rétribution contre ceux responsables. Alex, réfléchissant aux événements survenus et à la vérité qu’il a découvert sur lui-même, affirme qu’il est « devenu quelque chose de moins qu’humain, mais aussi quelque chose de plus ». Après le générique, Manhattan montre une reprise lente, le virus ayant été presque entièrement éradiqué. Alex, debout au sommet du Reuters Building à Times Square, commente que son travail touche à sa fin.