Xenosaga Episode II

L'histoire se déroule dans un futur lointain, lorsque l'humanité a depuis longtemps quitté la Terre, désormais appelée Lost Jerusalem, pour fonder un empire stellaire. La principale menace à laquelle l'humanité doit faire face est l'apparition d'une race alien ultra-pouvoirueuse appelée les Gnosis. L'intrigue reprend juste après les événements de la première épisode. Shion Uzuki, la jeune ingénieure qui a conçu le puissant androïde KOS-MOS, arrive avec ses amis sur la planète Second Miltia. Leur objectif est d'en apprendre davantage sur l'héritage du défunt scientifique de génie Joachim Mizrahi et de déjouer les plans des mystérieux antagonistes Albedo et Margulis. Jin Uzuki, le frère de Shion, qui n'a été évoqué que dans le premier chapitre, devient un personnage contrôlable important dans cette seconde épisode. Une grande partie de l'intrigue est consacrée à explorer le passé et les origines de Jr., ainsi que sa connexion avec Albedo.