Teenage Mutant Ninja Turtles Smash-Up

L'intrigue implique Splinter organisant un tournoi pour ses fils, Casey Jones et April O'Neil ; Splinter lui-même décide également de participer au tournoi. Après la couronne du vainqueur, on leur demande de choisir un trophée et quelque chose provenant du cabinet personnel de Splinter. Cependant, soudainement, le Professeur Honeycutt les appelle via la ligne de détresse, pour avertir les Tortues qu'il a été kidnappé par le Shredder. Ce dernier interrompt la communication et indique que la ligne n'est pas sécurisée, puis taquine les Tortues en leur disant qu'elles ne récupéreront pas Fugitoid. En réfléchissant dehors, Karai apparaît et explique que le Shredder a capturé Fugitoid pour le forcer à fabriquer un Transmat afin de téléporter ses armées dans le monde entier. Après avoir vaincu le Shredder, Karai révèle qu'elle a utilisé les Tortues pour se débarrasser du Shredder afin de s'emparer du Foot Clan de son père. Shredder se relève, et Leonardo le pousse dans Karai. Honeycutt actionne l'interrupteur du Transmat, sur lequel Shredder et Karai ont atterri, puis les téléporte vers l'inconnu. De retour dans la fosse, Splinter remet les prix au vainqueur du tournoi. Le jeu est accompagné d'une bande dessinée qui détaille davantage l’histoire, jusqu’à la défaite du Shredder. Certaines scènes absentes du jeu incluent Donatello qui branche le Sceptre du Temps de Renet pour les transporter vers la base du Shredder à Tōkyō, mais cela cause un dysfonctionnement et ils traversent le temps, ce qui explique les stages étranges comme le Far West et le Château japonais. Lors de leur première téléportation avec le Sceptre, un gigantesque alligator fend un mur de la canalisation, mais il est accidentellement transporté dans la forêt amazonienne, expliquant la présence du danger d’alligator dans les stages de la Fosse et de l’Amazonie. Au Château japonais, les Tortues affrontent une armée de samouraïs, qui s’avèrent être le démon japonais connu sous le nom d’Oni. L’histoire se termine après le sauvetage de Fugitoid, et l’apparition du Shredder pour le combat.