Half-Life

Blue Shift commence de la même manière que Half-Life, avec Barney Calhoun voyageant à bord d’un train à travers le complexe de Black Mesa pour rejoindre son lieu de travail. Après sa prise de service, Calhoun est chargé d'aider à la maintenance d’un ascenseur en panne. Cependant, alors que Calhoun termine ses réparations, l'expérimentation de Freeman a lieu et entraîne une "cascade de résonance", causant d'importants dégâts au complexe et téléportant des créatures extraterrestres à l'intérieur de la base. L'ascenseur est gravement endommagé et s'effondre, projetant Calhoun dans les profondeurs de Black Mesa. Calhoun reprend connaissance au fond du puits et commence à se frayer un chemin vers la surface pour s’échapper. En sortant près des quais de classification de Black Mesa, Calhoun apprend que le Dr Rosenberg et ses collègues prévoient de s'évader du complexe en utilisant la technologie de téléportation. Après avoir libéré Rosenberg de la captivité de la détachement des Marines américains envoyés pour faire taire le complexe, Calhoun l'accompagne jusqu’à un laboratoire de téléportation prototype hors service, où plusieurs employés de Black Mesa se sont déjà rassemblés. Rosenberg téléporte alors Calhoun sur le monde frontalier de Xen pour calibrer l’équipement de recherche afin de déterminer une destination de téléportation hors de Black Mesa. À son retour, Rosenberg informe Calhoun que l'énergie de la batterie du téléporteur est épuisée et que le contact avec une équipe envoyée pour acquérir une nouvelle pile a été perdu. Calhoun se rend aux générateurs d'énergie situés à un niveau inférieur pour trouver une nouvelle pile, tandis que des combats font rage entre les Marines et les forces de Xen. Après être revenu avec une nouvelle pile, Calhoun aide Rosenberg à évacuer les quelques survivants à travers le téléporteur. Calhoun est le dernier à entrer dans le portail et, lorsqu'il le fait, les Marines entrent dans le laboratoire et lui tirent dessus, provoquant l'explosion du téléporteur. En raison de la destruction du téléporteur, Calhoun entre dans un "reflux harmonique", ce qui le téléporte rapidement à divers endroits de Xen et de Black Mesa. À un endroit, il assiste à la capture de Freeman par des Marines en plein Half-Life, avant de finalement se stabiliser à l’emplacement de téléportation prévu avec Rosenberg, en périphérie de Black Mesa, où ils s’échappent ensuite du complexe à bord d’un SUV de l’entreprise.