Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus

Le jeu commence par une bataille contre le Foot Clan et Hun dans le gratte-ciel d'Oroku Saki. Le Foot est défait, et Maître Splinter disparaît mystérieusement. Les Turtles suivent la piste jusqu'à un bâtiment marqué "T.C.R.I.", qui révèle un secret bizarre derrière son apparence inoffensive : ses employés sont membres d'une race extraterrestre ressemblant à un cerveau, les Utroms. En combattant ces nouveaux ennemis étranges, les Turtles sont accidentellement téléportés à différents points de la galaxie, rencontrant le Fugitoid Professor Honeycutt sur D'Hoonib, et se retrouvent au cœur du conflit entre Triceratons et la Fédération - les deux camps recherchant le Fugitoid pour sa technologie. En chemin, ils rencontrent un chasseur de primes intergalactique nommé Slashuur. Censé être le chasseur de primes le plus puissant de l'univers, Honeycutt a entendu des légendes à son sujet lorsqu'il était enfant. Ironiquement, Honeycutt est la cible de Slashuur, qui a été engagé par les Triceratons pour le capturer. Après que les Turtles l'aient vaincu, Slashuur révèle qu'il connaît Hamato Yoshi avant de prendre congé. Avant de s'échapper de la planète mère des Triceratons, les Turtles befriendent et libèrent un noble guerrier Triceratoton, Traximus, qui avait été contraint de combattre comme gladiateur. De retour sur Terre et à l'immeuble T.C.R.I., il est révélé que les Utroms ont sauvé un Splinter blessé et prennent soin de lui. Les Utroms placent les TMNT et Splinter dans une machine de réalité virtuelle pour leur expliquer mieux leur origine. Il y a des centaines d'années, les Utroms voyageaient à travers la galaxie, transportant un membre meurtrier de leur espèce, Ch'rell. Leur vaisseau s'écrase en Terre, au Japon. Ch'rell s'évade, tandis que les Utroms doivent attendre que la technologie terrestre rattrape la leur, pour pouvoir retourner chez eux. Plus tard, après que les Utroms ont fait appel à des humains en tant que Guardian Ninja, ils sont attaqués par un seigneur de guerre lourdement blindé connu sous le nom de Shredder. Pendant ce temps, dans le monde réel, Baxter Stockman sabote la machine de réalité virtuelle, et les dangers qu'elle contient deviennent réels pour les Turtles et Splinter. Après avoir vaincu Shredder et ses ninja Feudal Foot, les Turtles rencontrent l'Utrom Mortu, qui leur donne un dispositif leur permettant de revenir dans le monde réel. Malheureusement, à leur arrivée, ils découvrent Shredder et le Foot attaquant le bâtiment T.C.R.I. Lors de leur combat, un dispositif de destruction organique est placé, et les Utroms s'échappent via leur Transmat. Les Turtles battent Shredder avant qu'il ne puisse leur courir après, et il est révélé que ce Shredder n'est autre que celui qu'ils ont vu en Japon féodal, mais qu'il est aussi le maléfique Utrom Ch'rell ! Les Turtles s'enfuient du bâtiment avant que le dispositif ne se déclenche, mais Ch'rell n'a pas cette chance.