Puyo Pop Fever

Le mode histoire du jeu est divisé en trois parcours qui suivent l'aventure d'Amitie, une fille pétillante qui fréquente une école de magie, où elle apprend avec Accord à lancer des sorts magiques en utilisant des Puyo. Dans le récit principal du jeu, Accord a perdu sa Bâton Volant, l'équivalent d'une baguette magique, et affirme qu'elle a une récompense pour l'étudiant qui pourra le retrouver. Le joueur incarne Amitie alors qu'elle parcourt le monde de Puyo Puyo Fever pour retrouver la baguette, rencontrant de nombreux personnages loufoques en chemin et livrant des combats contre eux. Dans une version plus difficile du mode histoire, on joue le rôle de la rivale d'Amitie, Raffina. Le mode histoire choisi détermine quels personnages le joueur rencontrera et celui qui finira par retrouver la baguette. Lorsqu’on joue avec Raffina vers la fin du jeu, il est révélé qu’Accord n’a jamais réellement perdu sa Baguette Volant. Elle prévoit alors de révéler le secret d’Accord et de Popoi, mais échoue dans sa fin, étant sonnée par Accord et perdant tous ses souvenirs de l’incident de la baguette. Elle reprend conscience près de son école, où Amitie et ses amis la félicitent.