GoldenEye: Rogue Agent [Player's Choice]

Au début du jeu, un enregistrement de M (le chef du MI6) révèle que : « Il y a trois ans, lors d'une mission, l'agent a été grièvement blessé lors d'une rencontre avec Dr. No et a par la suite perdu l'usage de son œil droit. Consumé par la soif de vengeance, il a souvent recours à la violence et à la brutalité, et n'est plus apte à servir au sein du MI6. » Selon le récit, Dr. No a tiré sur l'agent dans son œil droit lors d'une mission. Trois ans après l'incident ayant coûté l'œil droit à l'agent, celui-ci est évalué via une simulation holographique dans laquelle il est associé à 007 pour empêcher Auric Goldfinger, membre d'une organisation criminelle, de faire exploser une bombe nucléaire de mallette à l'intérieur de Fort Knox. Il échoue au test et est tenu directement responsable de la "mort" de 007. Accusé de « brutalité imprudente », il est radié du MI6. En quittant le quartier général, on le voit lire une offre de Goldfinger pour rejoindre son organisation. L'agent accepte l'offre de Goldfinger et est recruté en tant qu'exécuteur, le rencontrant à Auric Enterprises, où les scientifiques de Goldfinger ont développé une arme appelée OMEN (Neutraliseur d’Énergie de Masse Organique), qui libère une énergie capable de décomposer la matière organique à un niveau quasi atomique, entraînant désintégration. Pour son travail d’élimination de Dr. No, un autre officiel de l’organisation criminelle qui a déclaré la guerre à la branche de Goldfinger, il reçoit un œil cybernétique doré créé par Francisco Scaramanga, un autre officiel de l’organisation (d’où son nom de code « GoldenEye »). Scaramanga fournit des améliorations pour l’œil, commençant par une vision par IRM. À Hong Kong, GoldenEye doit obtenir un fusil de sniper pour neutraliser Dr. No avec la fonction de piratage EM. Au Casino Midas, GoldenEye doit atteindre le coffre-fort (disponible en multijoueur) pour protéger l’OMEN avec le bouclier à polarité magnétique. Au barrage Hoover, GoldenEye doit détruire le barrage et éliminer Xenia Onatopp. GoldenEye jette également Oddjob par-dessus une barrière dans une fosse à l’intérieur du barrage après qu'il ait trahi et attaqué GoldenEye pour des raisons inconnues. À The Octopus, GoldenEye doit télécharger les coordonnées de navigation vers Crab Key (la base de Dr. No) avec l’aide du champ de force généré par sa sphère dorée. Il est finalement envoyé à Crab Key, où il affronte Dr. No. Lors de leur duel, GoldenEye utilise son œil mécanique pour saboter le réacteur nucléaire de l'île, causant une électrocution de Dr. No. À la mort de No, Goldfinger contacte GoldenEye et lui dit qu'il le pense trop dangereux pour qu'il reste en vie, lui révélant qu'il a contacté GoldenEye plus tôt pour lui faire activer un programme qui désactiverait la grille de défense de la Cachette. Goldfinger révèle son intention de prendre le contrôle de la Cachette, laissant GoldenEye mourir dans la fusion nucléaire imminente. Cependant, GoldenEye parvient à s’échapper dans le vliegtuig de Dr. No avant que le réacteur n’explose et que l’île ne soit détruite dans une explosion massive. GoldenEye retourne à la Cachette avec l’intention d’affronter Goldfinger. Pussy Galore retrouve GoldenEye et lui informe que Goldfinger a utilisé l’OMEN pour éliminer la plupart des gardes de la Cachette, qu’il a prise le contrôle. Scaramanga fournit à l’œil mécanique un virus informatique qu'il peut utiliser pour faire déteindre l’OMEN. GoldenEye se fraye un chemin à travers la Cachette, implantant le virus informatique en cours de route, atteignant finalement la zone où se trouvent Goldfinger et l’OMEN. Goldfinger piège GoldenEye dans une chambre qu’il prétend bientôt privée d’oxygène. Le virus informatique active alors l’OMEN, provoquant son explosion en une décharge d’énergie, tuant Goldfinger et ses troupes. GoldenEye et Galore quittent la Cachette à bord du hélicoptère de Galore, et Scaramanga ainsi que Number One (Ernst Stavro Blofeld) discutent plus tard de ce qu’il faut faire de GoldenEye, décidant simplement de voir ce qu’il va faire ensuite avant de continuer.